四月一日，天气晴朗，利坚军的登陆终于开始了，利坚军登陆编队于拂晓时分到达生崇岛海域，并开始换乘。四时许，特纳发出：“开始登陆！”的命令，利坚军炮火支援编队的军舰随即开始射击，掩护登陆部队抢滩上陆。陆战二师首先在生崇岛东南海岸登陆，实施佯动，以吸引意志军的注意，分散意志军的兵力，为真正的登陆创造有利条件。八时，利坚军登陆的主攻部队从登陆舰上沿舷侧的绳网下到登陆艇上，登陆艇排成五个攻击波，以整齐的队形向岸上冲去，陆战一师、陆战六师和陆军第七师、第九十六师，在生崇岛西海岸从北到南正面约九公里地段登陆。八时二十八分，利坚军飞机结束了最后一次扫射，舰炮也停止了射击，第一波登陆艇此时距海滩仅七十米，海空协同完美无缺。八时三十二分，第一波登陆部队冲上岸。九时，太阳升起来了，阳光驱散了淡淡的晨雾，可以看到海面上履带登陆车和登陆艇排着整齐的队形，一波又一波，川流不息，秩序井然，整个登陆过程，顺利地异乎寻常，意志军根本没有任何抵抗，使利坚军颇有些莫名其妙，不知所以。
  四月二日，利坚军一部开始向东推进，以切断意志军防线。
  四月四日，利坚军两个陆战师横跨整个岛屿到达东海岸的中城湾，占领岛中部地区，将意志军防线一分为二。利坚军原计划十五天完成的任务，仅四天就顺利实现。
  意志军原计划在利坚军实施生崇岛登陆时发动代号为“天号作战”的航空兵战役，集中陆海军飞机，对利坚军登陆舰艇进行攻击，当三月二十六日利坚军在约克岛登陆时，意志军就判断利坚军对生崇的登陆已经开始，海军联合舰队司令副武大将立即下令实施“天号作战”，但作为“天号作战”主力的海军驻九朱地区第五航空舰队的岸基航空兵，在三月十八日、十九日反击利坚军对九朱地区的空袭中损失惨重，已无力组织大规模作战。而海军其他航空兵部队大多还在训练中，陆军的航空兵则还没来得及调到九朱，因此，意志军只出动了少量飞机进行攻击。
  从三月二十六日至三十一日，包括侦察机在内，意志军出动的飞机才一百架次，其中自杀飞机约二十架次。尽管“天号作战”草草收场，出击的自杀飞机数量虽少，还是给利坚军造成了一定的损失。三月三十一日，利坚军第五舰队司令斯普鲁恩斯的旗舰“利斯”号重巡洋舰就被意志军的自杀飞机撞中，舰体被撞出两个大洞，紧急前往约克岛抢修，斯普鲁恩斯只得改旗“西哥”号战列舰。至四月五日，意志军共击沉快速运输舰一艘，击伤包括战列舰两艘、护航航母一艘、巡洋舰三艘在内的三十九艘各型舰艇。
  四月六日、七日，意志军以九朱的第五航空舰队和第六航空军为主要兵力，万泰和先岛群岛的第一航空舰队和第八飞行师团为辅助兵力，出动海军飞机四百六十架，陆军飞机两百三十架，共六百九十架，其中自杀飞机三百五十架，击沉利坚军驱逐舰三艘、坦克登陆舰一艘和万吨级军火船两艘，击伤战列舰、航母、护卫舰和布雷舰各一艘、驱逐舰八艘，利坚军伤亡有数百人之多，尽管战前利坚军就估计到了意志军会发动自杀性攻击，但意志军攻击之疯狂、利坚军损失之惨烈，仍令利坚军胆战心惊。意志军将这两天的战斗称为“菊水一号”作战，出击的意志战机共被击落三百三十架，约占出击总数的48%。
  四月十二日、十三日，意志军发动了“菊水二号”作战，因为“菊水一号”作战中损失的飞机还没来得及补充，所以出击的飞机数量要比第一次少，海军出动两百架，陆军一百九十架，共三百九十架，其中自杀飞机两百架。由于兵力不足，意志军在攻击战术上作了一些改进，先出动战斗机吸引利坚军的战斗机，当利坚军战斗机燃料耗尽返回母舰时，攻击机才飞临目标上空进行攻击，同时意志军还开始使用一种新式武器——“樱花弹”，实际上是火箭助推的载人航空炸弹，由攻击机携带到达战区后脱离载机，由敢死飞行员驾驶冲向目标，装有一吨烈性炸弹，由三台固体燃料火箭发动机推进，时速高达八百公里，威力很大，利坚军则称之为“八格弹”，这种武器给利坚军造成了不小的损失。此次作战，意志军共击沉利坚军驱逐舰、登陆舰各一艘，击伤战列舰一艘、驱逐舰六艘、护卫舰三艘、扫雷舰、布雷舰和登陆舰各一艘，意志军损失飞机两百架。
  四月中旬开始，利坚军为了减少损失，在意志战机最有可能来的方向派出雷达警戒舰，当发现意志战机飞来，一边发出预警，一边引导空中的战斗机前去拦截，此外还在刚占领的生崇岛机场上布置大量战斗机，专门用于截击意志军来犯飞机。
  四月十六日，意志军发动“菊水三号”作战，出动海军飞机三百九十架，陆军飞机一百架，共四百九十架，其中自杀飞机一百九十架，击沉利坚军运输舰和军火船各一艘，击伤航母、驱逐舰、医院船各一艘，运输舰两艘，意志战机损失一百八十架。在此次战斗中，利坚军的“拉菲”号驱逐舰浴血苦战，赢得了“不沉之舰”的荣誉，成为利坚国海军勇敢和坚强的象征。当天“拉菲”号担任雷达警戒舰，早上八时许，发现意志军五十余架飞机飞来，便立即发出预警，并引导空中的战斗机前去拦截，由于此时空中双方飞机混杂在一起，“拉菲”号怕误伤己方飞机，没敢开火。很快两架意志军自杀机猛冲过来，“拉菲”号迅速开火将其击落，随即又有二十余架意志战机从几个方向扑来，“拉菲”号全力以赴，组织全舰火力对空射击，意志战机集中攻击，使“拉菲”号难以兼顾，先后被三架自杀飞机撞中，其中一架正撞在127毫米尾主炮的炮塔上，剧烈的爆炸当场就将炮塔炸飞，火焰和浓烟喷涌而出，高达六十米，甲板上到处是意志军自杀飞机上航空燃油溅洒所引起的燃烧，火势熊熊，损失管理队员冒死拼搏，竭力控制火势蔓延。紧接着一架意志战机投下的炸弹命中20毫米高射炮的弹药舱，引发了更大的爆炸，将舵机炸坏，使“拉菲”号失去了机动能力。不久又有两架自杀飞机撞上“拉菲”号，进一步加剧了伤势，“拉菲”号后半部的火炮全部被炸毁，只剩前四座20毫米炮还在坚持战斗，生死搏斗持续了整整八十分钟，“拉菲”号共遭到了二十二架自杀飞机的攻击，击落了九架，但被五架撞中，还有四枚炸弹命中，“拉菲”号受到的创伤如此之重，凭着全体舰员的努力，最终没有沉没，在三百五十名舰员中，死亡三十二人，伤七十一人，几乎占三分之一。次日“拉菲”号被拖船拖到约克岛锚地进行紧急抢修。四月二十二日就能依靠修复的自身动力驶到赫尔墨斯岛。
  意志军这三次菊水作战都是在白天进行的，虽然容易发现利坚军目标，也取得了不少战果，但代价也相当巨大，对意志军而言，无论是损失的飞机，还是飞行员都很难迅速补充，因此随后的菊水作战，意志军只得改为夜间攻击。
  四月二十一日和二十二日，意志军出动飞机三百一十架，其中自杀机一百三十架，实施“菊水四号”作战。
  五月四日和十一日，意志军为弥补损失的飞机，将水上侦察机也改装成自杀机，投入特攻攻击，共出动飞机五百九十架，其中自杀机三百架，先后发动了菊水五号和菊水六号作战。
  五月二十四日、二十五日、二十七日、二十八日，意志军又将教练机改装成特攻机，以增加特攻机的数量，接连发起了菊水七号和菊水八号作战，总共出动飞机七百三十架，其中自杀机两百架。六月三日和二十一日、二十二日，意志军竭尽全力，出动飞机五百架，其中自杀机一百一十架，发动了菊水九号和菊水十号作战。
  意志军除十次大规模的“菊水作战”外，只要天气允许，每天还组织小批飞机出击，从四月六日至六月二十二日，零星出击的飞机总数也高达四千一百架次，其中自杀机九百一十架次，加上十次菊水作战出动的飞机，总计七千八百五十架次，其中自杀机两千四百二十架次，虽被击落四千二百余架，但给利坚军造成了巨大损失，共击沉利坚军军舰三十三艘，击伤三百六十余艘。在利坚军被击沉的三十三艘军舰中二十六艘是被自杀机击沉的，占沉没军舰总数的78.8%。就连米切尔的旗舰“邦克山”号航母也于五月十一日在意志军发动的菊水六号作战中被两架自杀机撞中，损伤极其严重，舰员死亡和失踪达三百九十人，伤两百六十人，其中一架自杀机撞上母舰时发动机被爆炸的气浪弹飞进米切尔的司令部所在舱室，使舱内十四名参谋军官当场阵亡，米切尔只好率司令部的其余人员转移到“叶期”号航母上，不料三天后，“叶期”号也遭到了自杀机的撞击，失去航行能力，使得米切尔在三天里两易旗舰。由于意志军自杀机的疯狂攻击，利坚国海军的高级将领不得不一直留在生崇海域指挥作战，相比之下，基利军参战的四艘航母都遭到了意志军自杀机的撞击，但损伤远比利坚军小，这是因为基利军航母具有装甲飞行甲板和设计坚固的封闭机库结构，所以抗损伤能力和耐撞击能力要比利坚军航母强的多。
  意志海军联合舰队经莱特湾一战后，其主力已折损大半，残余的水面舰艇整编为第二舰队。三月十七日，意志舰队判断利坚军对生崇的登陆迫在眉睫，命令第二舰队做好随时出击的准备。
  四月五日，意志军联合舰队决定以第二舰队的“大河”号战列舰等八艘驱逐舰组成海上特攻队，配合“菊水一号”航空特攻作战，于四月八日拂晓突入生崇以西海域，歼灭利坚军登陆编队，支援生崇岛上守军夺回机场。由于意志军燃油严重短缺，意志舰队费尽九牛二虎之力才搜集到两千五百吨燃油，还不到“大河”号燃油舱容量六千四百吨的一半，勉强能保证前往生崇的单程油耗所需，而且因为航空兵力全数投入菊水作战，对这支出击的舰队没有任何空中掩护，完全是一次地道彻底的自杀性海上特攻行动，所以参战官兵都清楚此次作战是有去无回的，在出征前例行的诀别酒会上，很多人都情不自禁有些失态，与以往出征前的诀别酒会有说有笑的场景，截然不同，充满着赴死前的悲怆与凄然。
  四月六日下午，“大河”号全舰三千官兵在甲板上集合，听舰长宣读意志舰队司令发来的出击命令，随后全体高唱国歌、军歌，然后拔锚启航。由于下关海峡已被利坚军布设的水雷封锁，意志军舰队只得经丰后水道沿九朱岛南下。四月七日六时，舰队通过大隅海峡，经九朱岛最南端的佐多岬后，司令腾翼斯决定以二百八十度航向先向西，尽量避开利坚军飞机的搜索，到黄昏后再转向生崇。其实早在意志军舰队经过丰后水道时，就已经被在丰后水道的利坚军“线鳍鱼”和“棘鱼”号潜艇发现了，这两艘潜艇任务是监视丰后水道的意志战舰活动，因此都没有对意志战舰进行攻击，只是将敌情迅速向斯普鲁恩斯报告。斯普鲁恩斯接到报告，立即命令戴约少将指挥第五十四特混编队的六艘战列舰、七艘巡洋舰和二十一艘驱逐舰，从生崇海域迅速北进，尽可能引诱意志军舰队向南，使其得不到岸基航空兵的支援，也不能迅速撤回本土，以利第五十八特混编队的航母舰载机实施攻击；如果舰载机未能将其消灭，第五十四特混编队的战列舰和巡洋舰就以舰炮火力歼灭之。斯普鲁恩斯同时命令米切尔的第五十八特混编队作好战斗准备。米切尔随即率领五十八特混编队的第一、三、四大队向生崇东北海域航进，以占领有利的出击位置，第二大队因正在生崇以东海面进行水上补给，没有参加此次战斗。