从这里开始，游戏就真正的进入到了属于玩家自由操控的阶段。
  玩家是能够一直使用两个人物，而这两个人物都有各自的剧情线。
  首先，对于刘建明这个人来说，他的任务线就比较简单。
  他是一个坏人，年轻时就加入黑社会，而且还对自己的大嫂有着不应该出现的觊觎之心，所以，马莉叫他去做的什么事情他都会做。
  而在这里，玩家们也看倒了刘建明去做过什么，原来，之前在唐家出事的时候，就是马莉去指使刘建明对唐家仁放了阴枪，虽然没有打死唐家仁，但是还是对于唐家仁的病死造成了严重的影响。
  但是，随着玩家们在使用刘建明的角色更进一步深入的时候，他们却发现好像之前自己对于这部游戏之中的“好”与“坏”有了弄不明白的情况。
  其实马莉是受到了作为警长的黄志成的暗中指使，利用这个女人对韩晨的爱，让她为了韩晨未来的发展去加入到对唐家仁的暗杀之中。
  但是对于韩晨来说，唐家仁本来就是对他有恩的，而且也是带他发展的老大，所以，他本来对于唐家是没什么非分之想。
  这一点，通过之前过场动画中唐永孝在给他们几个打电话之中就能看得出来。
  但是，偏偏他和黄志成是“朋友”，黄志成为了拔出唐家仁这个已经不受他们控制，甚至能量已经影响到警察威严的黑道皇帝，他只能去利用韩晨以及他身边的家人，让这些黑社会自相残杀。
  或者说，黄志成从头到尾都没有把韩晨当成朋友，他只是站在警察的立场上，希望这些黑社会的龙头全部去死。
  玩到这里，玩家们终于明白了为什么开场时，黄志成和韩晨在警察局中说的那些话，为什么韩晨会说：“这样的好人我宁可不做。”
  因为这种好人会使他失去信义，失去做人最基础的感情，但是，最该像是好人的黄志成却在这一刻彻底放弃了做一个好人。
  总之，在刘建明的这一段故事之中，玩家们发现这个游戏的名字为什么会叫《无间道》，就是因为这部剧之中没有一个人是无辜的。
  在刘建明这边成功的获取了警局的新人，并且再次完成了几个扫除黑社会的任务之后，玩家们就可以转换成宋永仁的视角之中。
  在宋永仁这边，因为他在唐永仁去世之后，被警长知道了他是唐家仁的私生子，所以，为了自己继续想要当“好人”的决心，他回到了唐家，成为了警察的卧底。
  同时，也是在这个场面里，警方派去潜伏在唐家七年的卧底罗继也因为陆启昌下意识的一句话暴露了自己的身份。
  接下来，镜头来到了在大排档里的唐永孝，他说出了一句很经典的话：“出来混，迟早都要还的。”但是，这里不知道他是在对谁讲，是在对自己讲还是在对身边的卧底说。
  之后的游戏故事，就是宋永仁开始了他的卧底生涯，为唐家做事。
  在这一段游戏内容上，玩家们真正体会到了《无间道》之中丰富的支线以及解密。
  尤其是这种解密的环节，更是让玩家们脑洞大开，乐在其中。
  ……
  游戏中，四年很快就过去了，在这四年期间，因为宋永仁身上有着唐家的血脉，所以，他很快就获得了唐永孝的信任，毕竟，他只剩下一个姐姐和一个弟弟了。
  但是，心思缜密的唐永孝并没有彻底放弃对于宋永仁的怀疑，他只是希望通过自己这些年对于宋永仁的照顾能够让他认识到，他们之间是有血脉亲情的，他们兄弟联手，至少能够成功的在港岛身退。
  于是，在唐永孝女儿的生日会上，一场和《放逐》里那段聚会同样的场景再次出现，而这一会，聚会的主角变成了唐永孝。
  也是在聚会上，唐永孝故意撕了一张黄色的纸条丢在垃圾桶里，以此来再一次试探宋永仁。
  永仁以为没人注意，就从垃圾桶之中偷偷拿出了纸条。
  而此时，永孝正好叫永仁一起来拍照，原来，永仁所做的一切都在永孝的眼里，不过，作为哥哥的他，还是继续给了永仁一个机会，而且，他也想通过永仁来找到是谁在和他接头。
  果然，在这之后，玩家们就按照任务指示，将这个纸条交给了在公交车上与永仁接头的黄志成。
  之前永仁的上司陆启昌也发现了黄志成派永仁去做卧底，知道永仁身份的陆启昌对于黄志成的这个举动非常不满，他认为这样会毁了永仁和黄志成自己。
  而在聚会时，唐永孝和韩晨几人聊天中，说道自己可能会移民，想要把自己的产业都交给他们几个跟随唐家多年的老人。
  在听到唐永孝这么说之后，只有韩晨劝说永孝不要退出，永孝也因此分辨出只有韩晨还在守着自己的信义，而其他几人都已经在打各自的盘算了，所以，永孝决定清洗这些人，韩晨也被他找个借口派去了东南亚。
  而在韩晨即将登机的时候，马莉给韩晨打电话，告诫他唐永孝想要清理他们，让他小心一些，对此，韩晨没有当真，他知道他之前的表现已经让唐永孝对他放心了。
  但是，他没有想到的是，深爱他的妻子，竟然是导致唐家仁身死的罪魁祸首之一，而这个信息，也早就已经被永孝获取。
  所以，即使知道这件事情韩晨没有参与，但是为了父亲的仇，永孝还是决定杀掉韩晨。
  在黄志成得到唐永孝要进行交易的信息之后，立刻派人组织了行动，其中刘建明也参与其中。
  但是，这个信息本来就是唐永孝放出来的一个局，所以，在黄志成现场抓捕唐永孝的时候，打开他手里的黑箱子，里面出现的并不是他们预料的白粉，而是一盘录像带。
  这盘录像带之中，就是黄志成和马莉的交易内容。
  黄志成在这件事情后受到了很大的打击，因为这种行为已经超过了警察的职权，在其他人看来，他已经是那种为达目的不择手段的人，同时，刘建明也知道，黄志成和自己的老大有着很深的交集，而且，他也不是什么好人。