明崇祯十一年十一月，癸亥日，清兵自良乡、高阳、逐州向河间，闯入塞，分四道，一趋沧灞，一趋济南，一趋临清，一趋彰德卫辉。”(《崇祯实录》卷十一)
  十二月初，侵华清军统帅多尔衮为了围歼明军卢象升部，除真定府、河间府外围警戒的散余清骑外，抽调满蒙汉奸仆从军主力近八万人，一路围追堵截，终于十二月十一日下午围卢象升部于巨鹿。
  针对出现在河间府方向的小股清骑，在清国间谍的收买下，河间府的塘报言过其实，最终导致明廷决断失误，错命山东巡抚颜继祖离驻地济南领兵前置移防于邻近的德州。
  十二月十六日，经过六日五夜的鏖战，卢象升及其天雄军在弹尽粮绝的清军重围之中慷慨赴死、英勇殉国。至此，明朝再无敢与满洲八旗野战的官军。
  多尔衮乘胜追击，当夜击溃高起潜部的关宁军，一路追杀至临清，不下。继而绕城别走，不顾背后尚有明军控制的城池（不敢截断清军归路，害怕惹恼清军），一路高歌猛进，自高唐州直插山东济南府（当时的黄河夺淮入海，所以济南府在当时的黄河之北）。
  值腊月二十三小年夜，清军前锋兵临济南城下。因巡抚颜继祖率济南屯卫和标营前置移防于东北面的德州，城内只剩乡兵五百和莱州援兵七百，双方兵力悬殊，城中守军以山东巡按御史宋学朱、山东左布政使张秉文、济南知府苟好善和历城知县韩承宣等驻城文官为首。
  山东巡按御史宋学朱深知济南府城兵微将寡，不能久守，当机立断，趁清军尚未完成对济南的合围，派奇兵出击突围，向四方救援。
  次日，清军主力毕至，汇合于城外。
  自此，济南彻底失去了与外界的联系。
  当是时，清军自崇祯二年入寇，此时已然是第四次，其凶悍残忍、杀人盈野，世人皆闻。一遇抵抗，破城得地之后不分军民，不论参与抵抗或未参与抵抗，通通屠杀或掠取为奴婢。努尔哈赤在辽东的屠戮汉民，皇太极时三次深入畿辅、山东等地的屠杀抢概莫如此。
  面对清军的无差别屠杀，大多数务农的明国百姓，除非有坚固的坞堡依靠之外，其余大多数都会托庇于附近有城墙的州府，致使屠城惨案往往会上升到了一个可怕的量级。
  当此之时，清军自十月下旬突破明国北境长城，十一月肆虐宣大，十二月纵掠北直，正月攻入山东。使得山东地区的农民有足够的时间带上家当逃到周边有城墙包围的州府里。所以当清军小年夜包围济南时，吸纳了避难民众的济南城至少有百万之众。
  在山东巡按御史宋学朱、山东左布政使张秉文、济南知府苟好善和历城知县韩承宣等驻城文官的领导下，济南城内士民上演了可歌可泣的“济南保卫战”，与攻城的七万清军激战十昼九夜。
  援枹登陴，露立十昼夜，直至矢尽石穷。俄而突然北风呼啸，飞沙走石一片晦暗中，清军乘机再次扑城，登上城墙的兵丁千余人，守城军民拼死抵挡，可是等来城中支援的山西商会家丁大队却是作为清军内应，内外夹击之下，济南守城士民死亡无数，城墙终至失守。
  济南城被攻破的那一天，正是大年初二的黄昏。
  十日的围攻，遭到明国军民坚决抵抗的满清军队损失惨重，而付出巨大代价才进入城内后，却又遇到了陷入了巷战。于是，一寸一寸地争夺，一条街一条街地抢占，尸首在城里堆积如山，血混着雨水流得满地都是。
  宋学朱在巷战中力战，受创，被执。清军将他绑缚在城头烧死，尸骸无存。南明弘光初年，追赠大理寺卿
  山东左布政史张秉文，戎装出门与清军恶战，中箭而亡，他的妻子和小妾及家仆十数人俱投大明湖而死。死后赠太常寺卿
  山东学政邓谦，亲自在城头开炮轰击清军，力战而没，全家战死者四十余人。他的母亲闻知噩耗后，绝食而死。后缀赠光禄卿
  历城知县韩承宣，济南人，城破后带领全家人与清军作战，最终全部战死。追赠光禄少卿
  李应荐，东昌府恩县人，进士，授御史，济南被围时，他资募勇士协助守御，城陷，李应荐身中一枪，犹率家丁格斗，后被俘，厉声大骂，被斫二刀，断一指而死。
  刘化光，济南历城县人，孝廉，破家守城，率乡兵巷战，格杀无数，及城破，刘化光头砍三刀，腰中二枪，背中数箭而死。追赠中宪大夫
  刘大年者，江西广昌人。任兵部主事，奉使南京，路过历城，便主动入城抗敌，城破抗节死。追赠光禄少卿。
  世熊，灌阳举人，分守西门，被杀。
  好善，醴泉人，进士。
  虞胤，未详。烈献，黄陂贡生，城破，与二子俱死。
  承宜，大学士爌孙，进士，与妻妾同死。
  济南知府苟好善在其他官员都殉国后在城内继续与清军殊死抗击，手刃了想要劝自己投降的儿子，手下军士为其忠烈所感，皆死战，竟无一生降。
  “好个苟好善！“看着城内街道上被从屋檐上跳下的明军人体炸弹炸得伏面遍地的尸体，听着将领通报这次攻城的伤亡，坐在马上的身穿银白铠甲的多尔衮冷笑了起来，“真是明国的忠心老狗，想和我拼个玉石俱焚吗？给我把他的尸体肢解示众！“
  “喳！王爷。“旁边的将领迟疑了一下，似乎有些蠢蠢欲动，舔了舔嘴唇，道：“王爷，这次攻城太久，士卒疲敝，粮草也不继了，您看——“
  “传我命令，屠城三天！让儿郎尽情地享受胜利吧！“多尔衮毫不犹豫地下令，“——我要让天下人知道，和我对着干的人会得到什么样的下场！“
  随着多尔衮的屠城令，外面爆发出有如山洪一般的喧闹欢呼，旋即又被恐惧的哭喊和凄厉的尖叫声淹没。
  入城之后，女真人的残暴和野蛮充分的表现了出来，攻城的重大损失使他们痛恨城里的每一个人。于是毫无人性的大屠杀开始了，大明湖畔，千佛山脚，趵突泉旁，清军见人便杀，济南血流成河。
  除了守城殉国的宋学朱等官员外，济南著名文学家史学家刘敕(历城最早县志《历乘》编著者)、刘檄兄弟，也不屈而死其家人皆被杀；西关回民在陈、金二教长的带领下保卫西关，战死二百余人，巡守四城的秀才就战死三百五十二人；城内妇女为避免城破被辱，“溺明湖者数万人，投井自缢者半之”。
  大明湖旧有四大怪，其一便是湖中青蛙不叫，曾有传说解释说，多尔衮屠济南的时候，大明湖旁边的几条街，犹为惨烈，鸡犬不留。吓得湖里的蛤蟆也不敢叫了。怕被清军逮出来杀掉。传说虽然荒诞，但足可见当时大屠杀的残酷。
  对于清军屠杀的人数，有民间传说和官方记载两种说法.《聊斋志异》中有一篇《鬼隶》，故事说济南府有两个官差去外地办事，岁末的时候才回程，路上，遇到两个城隍庙的鬼差东去，便问去做何事。鬼差告诉他济南马上要有场浩劫，他们是去泰山汇报死者名单.公差惊问有多少人，得到的答案是“或近百万”两公差听完后随即逃走，躲过一难。