五月初五日，这天是端午节，在古代是非常重要的节日，但是此刻由于朱佑樘已病入膏肓，宫中不得不取消了端午宴；
  五月初六日，朱佑樘病危，在昏迷中间醒来，或许是回光返照，他让司礼监大太监戴义紧急把刘健、李东阳、谢迁三位内阁大臣召唤到他的病榻前。
  朱佑樘清楚知道自己的时间不多了，他必须要交代身后事。听见三位内阁大臣跪在病榻前向他问安，他在太监搀扶下艰难坐起身，一阵剧烈咳嗽让他几乎虚脱，良久才停下来，只觉得身上燥热不堪忍受。由于张瑜和刘文泰仍然不让他喝水，于是朱佑樘示意身边的太监，拿来一块沾了水的布，擦拭了自己的口唇和舌头，然后，蠕动着几近干裂的嘴唇，艰难的对跪在病榻前的三位阁臣开口了：
  “朕继承祖宗大位十八年，今年已三十六岁，突然得此重病，朕自知肯定是好不了了。”
  刘健等立刻宽慰朱佑樘说：“陛下春秋正盛，偶感风寒，没有那么严重，只需御医治疗调理几天就会好的。”
  朱佑樘绝望的摇摇头，失意太监捧来笔纸，跪在榻边，让司礼监大太监戴义亲笔记录自己的遗嘱。
  朱佑樘喘了几口气，继续往下说：
  “孝穆皇太后生朕于成化六年七月初三，后蒙父皇厚恩，于成化二十三年二月初六，和昌国公张峦之女成婚；弘治四年九月二十四，皇后为朕生下了皇太子朱厚照。”
  在生命即将逝去的最后时刻，朱佑樘心里挂念的，依然还是他的母亲，妻子和儿子，那是他生命中最重要的几个人。他们每个人来到他身边的日子，他都牢牢的记在心里。
  “皇太子今年已十五岁，快成年了，要尽快选择良家女婚配，可于今年举行。”
  朱佑樘挣扎着抓住内阁首辅大学士刘健的手，“皇太子很聪明，是个好孩子，但是年幼贪玩，诸位先生要常常督促他出来读书，辅导他做个好皇帝！”
  刘健三人痛哭失声，“皇太子天性睿智，今年尽勤学，望皇上宽心少虑，以膺万福！”
  十八年来，朱佑樘一手打造了明朝最优秀的文官群体，平日里君明臣贤，一日三见，共同为国家殚精竭虑，位属君臣，情同骨肉。在告别之际，所有人都泪流满面，痛心疾首，不舍之情溢于言表。
  即将撒手人寰的朱佑樘忧心忡忡，他放心不下他的帝国，放不下他的儿子，他不知道，自己不到十五周岁的儿子能否挑起这付千斤重担。他拉着大臣们的手不松开，反复交代，一遍又一遍，直到最后精疲力尽，昏迷过去。
  第二天，五月初七日，清晨时分，初升的太阳照进乾清宫东暖阁，朱佑樘最后一次醒来，在即将失去意识的最后时刻，他派人找来了皇太子朱厚照。
  此刻的朱佑樘形容枯槁，眼神空洞，气若游丝，皇太子朱厚照跪倒在病榻边，双手握着父皇正在变冷的手，哭喊着父皇。此刻，朱佑樘已经无法转身看儿子了，他用尽最后一丝气力对儿子说了人生中最后一句话：
  “朕已不行了，皇帝你来做，所有礼仪全部依照先帝遗典，你要务必遵守祖宗成法，孝敬和奉养太皇太后和皇太后，进学修德，用贤使能，不要懈怠，不要荒淫，要永远保持纯正美好的品质！”
  说完，油尽灯枯的朱佑樘闭上双眼，彻底陷入昏迷，任凭儿子怎么摇晃，怎么呼喊，他再也没有醒来。
  耳边皇太子的呼号声渐渐远去，一股清香慢慢袭来，是旁边桌案之上那杯每日常伴朱佑樘左右的贺县桂岭白毛茶。
  朱佑樘仿佛又看到了天空之中闪过一袭白裙，一位山茶花一般的美丽少妇盈盈走来，面露微笑，深情凝望着他，轻舒臂弯，双唇轻启：
  “儿啊，别怕，快到娘这里来！”
  朱佑樘笑了，张开双臂，踉踉跄跄的向她跑去，就像小时候那样，一头扑进了母亲的怀抱：
  “娘，我来了，是你在等我吗？”
  中午时分，京城突然一阵龙卷风呼啸而过，一时尘埃四塞，阴云笼罩了皇宫的三大殿，朦胧之中，有很多人看见空中云端仿佛有人骑着一条龙飞升而起，很快消失在天际。
  紫禁城丧钟敲响，大明第九位皇帝朱佑樘驾崩于乾清宫，享年三十六，庙号孝宗，葬于明十三陵之泰陵。