领了圣旨的孙、滕二人出发了，不敢拖延，迅速赶去两广。
  此时，朝廷中的部分有识之士已经想到，孝穆皇太后寻亲案已经牵扯进去了从中央到地方的一大批官员和地方乡绅势力，盘根错节，利益交织，孙、滕两位科道官员此行恐怕会面临重重阻力，必须要提前做好预防措施。
  于是，20天之后，即弘治二年的十一月十七日，时任户部尚书李敏等官员联名上书给皇帝朱佑樘：
  “陛下，您最近派出了朝廷科道官员去广西寻访孝穆皇太后的宗族亲戚，您的孝心足以慰藉圣母在天之灵。臣等知道，虽然科道官员的寻访工作肯定不敢不尽心竭力，但是臣等担忧之前那些为纪贵纪旺两兄弟作担保并护送其进京的大小官员们为了避免可证明这两兄弟为假冒的证据出现，从而导致陛下追究他们的罪责，他们可能会事先安排好消灭证据，对好口供，弥补漏洞。如果是这样，那么将会导致关键证据丢失，是非颠倒，太后真正的亲族将永远都找不到了。”
  “臣等建议，仿照唐朝德宗皇帝访求生母沈太后的案例，为求得一个真相，宁可遭受一百次的欺骗。请您下令：所有之前为纪贵两兄弟做过担保以及保送其来京之官员的责任，不予追究。并请您再次下旨给两广的总镇太监和都御史等官员，让他们公开发布榜文，通知贺县所有乡镇村集市之人，如有能真正了解孝穆皇太后的宗族情况的人，必须从实上报。如此，太后的宗族情况或许还有可能了解清楚，稍微弥补陛下您无法奉养母亲的悲痛。”
  朱佑樘接受了建议，给时任总督两广军务兼理巡抚都御史秦纮暗中下了一道加急圣旨，让他秘密配合孙、滕二位的查访工作。
  李敏等人的确是有先见之明。得知皇帝派官员去了现场查访，监生蒋灏和周绅二人慌了，因为要维护一个谎言，就必须要用更多的谎言来掩饰。他们二人商量过后，生出一计，指使了一个来自江西分宜县名叫高龙的人，让其假扮锦衣卫百户，昼夜兼程，比孙、滕二位查访官员先行一步赶到连山县。
  高龙在当地宣称自己是皇帝派来进行暗访的情报人员，借东厂和锦衣卫的势力虚张声势恫吓连山县的当地老百姓，从而伪造了一份写有李友广的详细住址以及所谓孝穆皇太后在连山县的宗族亲戚情况的“供状”，如意算盘打得邦邦响，万事俱备，只等孙、滕二位查访的科道官员到了，就据此呈上，以希蒙骗过关。
  户科左给事中孙圭、监察御史滕祐二人很精明，他们很清楚，监生蒋灏和周绅作为连山县的地方乡绅，同时也具有国家事业单位人员编制，肯定跟当地政府和官员有着密切关系。如果没有在连山县做好足够的准备，他们不可能敢去京城告御状。如果自己大张旗鼓的去连山县寻访，被当地官员安排行程，那么除了当地官绅势力想让他们看到的东西，其他什么真实情况也看不到。
  于是，孙圭和滕祐没有首先去连山县，而是悄悄到了贺县。二人并未声张，而是偷偷换了便服，在民间暗暗查访。
  这下就简单了。不清楚二人实际身份的当地老百姓，都说了实话，很快，纪贵和纪旺两兄弟假装瑶族、冒认皇亲的证据都到手了。然后，他们同样去了连山微服私访，根本没有跟当地官员接触，于是，蒋灏和周绅二人唆使壮族人李友广假冒纪氏皇亲，并指使高龙冒充锦衣卫官员伪造证据的事情也都被查了个水落石出。
  案情有了重大突破，孙圭和滕祐不敢耽搁，迅速启程回京，将所有情况据实上奏皇帝朱佑樘，并弹劾太监蔡用的欺君罔上之罪。
  从贺县、连山县、广西最后到皇宫，多人卷进了假冒皇亲的案子，这些人胆量之大，贪欲之盛，骇人听闻。老实人朱佑樘这次是真的怒了，他没有想到，自己一片赤诚的爱母之情，竟然被这些胆大妄为利欲熏心之徒利用，成为升官发财的捷径。
  怒不可遏的朱佑樘，随即将所有涉案人等下狱严审。
  弘治三年的七月十四日，朱佑樘下旨给出了正式处理结果：
  一、李父贵（纪贵的原名）、李祖旺（纪旺的原名）二人，假冒孝穆皇太后的宗支，滥受官职；高龙假冒缉访公差的锦衣卫官员，煽惑人民；三人判依律处决；
  二、太监郭镛，知情不报，包庇同党，本当处死，考虑到过去的侍奉之功劳，被贬斥为宫中最低级的烧火阉人，发配到南京司礼监新房软禁；
  三、周绅、蒋灏革去监生的职位，廖宾革去知县官职，贬为老百姓；李友广发配去驿站服劳役；
  四、太监陆恺第一个冒充皇亲，本属罪不可赦，但念他有奉侍陵寝，没有功劳有苦劳，没有苦劳还有疲劳，发配明宪宗茂陵去司香。
  至于蔡用，由于是皇帝朱佑樘的亲信太监，而且并未从中牟利，只算他无能和渎职，因此，对他只是从此不再重用，并未严厉处理。
  圣旨下发之后，翰林院的侍读曾彦、都御史屠镛等人向朱佑樘请求宽宥李父贵、李祖旺、高龙三人的死罪。考虑到如果是因为冒认皇亲而杀了他们，那以后更没有人敢出面自证身份了，因为即使是真有人知道太后亲戚所在，恐怕也不敢跳出来举报了，这会让更多的信息来源中断，于是，投鼠忌器的朱佑樘同意了，将他们三人免去死罪，但是活罪难逃：李父贵、李祖旺被发配到福建镇海卫充军，高龙被发配到辽东铁岭卫充军。
  气愤之余，朱佑樘更多的是悲伤，因为希望越大，失望也就越大，本以为调动了从中央到两广地方的全部相关行政资源，前后总共花了三年时间寻访，除了被一群骗子，什么收获都没有，母亲的亲族依然是茫然不知所踪。
  事件追责到这里并未就此结束，事实上，其他涉案人员在接下来的两年中，在案情陆续查清之后也被一一处理。
  弘治四年五月初三，下旨：
  李父贵兄弟的东家邓璋被罚没全部财产，本人发配陕西庄浪卫充军；参与谋划的其子邓宗茂则被发配到陕西驿站服劳役；
  收受贿赂的贺州知县黄琏和守御千户房顺被发配到四川松潘卫充军；
  当年为李父贵兄弟做担保和护送其进京的几个官员：广西佥事黄钥被撤职并赶回老家闲住；副使林符降二级调任广东南雄府知府；总镇两广太监韦眷责任最大，但因为已年老多病，免去坐牢，降为左少监，回京闲住。
  其余当时参与了此事的中低级官员40多人，都被杖责打了一顿板子之后就释放了，不再追究其他责任。
  弘治五年正月十六，下旨将由李父贵兄弟指认，并由工部修缮好的所谓孝穆皇太后祖坟全部拆毁；并裁去为守墓而设置的广西贺县龙塘巡检司。
  弘治五年十一月十九，下旨将当年参与了联署推举李父贵两兄弟的监察御史唐相降职为河南永城县县丞。
  韦父成还算幸运，因为当时没有最终被认定为皇亲，而被赶回广西，之后也只是收回了当地政府给他的官田，就没有再继续追究他的责任。