山海关一片石一战，大顺军损失数万人，大将刘宗敏也负了伤，李自成下令大顺军急速撤退，由于对吴三桂的勾引清兵叛变欺诈极为痛恨，行至永平府范家店时，李自成决定将吴襄处斩，四月二十七日，李自成从德胜门入东华门，又杀吴三桂家属三十四口，唯独舍不得杀藏在宫里的陈圆圆。
  大顺军败回北京以后，李自成考虑过据守北京城，可大顺军将领们都想回陕西去，丞相牛金星和原明廷一些官吏急着劝进，大将刘宗敏也说：“若不正大位，即求还关中，不可得也”。李自成决定从速登基。
  二十九日上午，李自成在武英殿内即皇帝位，接受群臣的朝贺，定国号大顺，建元永昌，追尊七代祖妣为帝后，立妻高氏为皇后，但这个匆忙的即位典礼结束后，李自成立即率部西撤，李自成暂留几千大顺军守城，离京前“分付阖城人民俱各出城避难”，同时下令放火焚毁大明宫殿和各门城楼，大顺军撤退时“城中扶老携幼西奔者络绎不绝”，明朝降官如龚鼎孳、涂必泓等人也自动随大顺军西行。
  多尔衮令关内兵民尽行剃发，吴三桂首先遵令，自请作前驱，率二万兵马，星夜前进直抵北京城下，却见城上掷下一颗血淋淋的首级，接连又掷下三十多颗首级，亲兵把人头一一拾给吴三桂看，拾起一瞧，正是他父母妻子的首级，吴三桂不禁捶胸大哭，后来想到不见陈圆圆首级，故此稍稍安心。
  恰好清兵亦赶到北京城下，多尔衮安抚了一下吴三桂丧父亡母之痛后，与吴三桂商议了一夜，翌日黎明，多尔衮命令多铎、阿济格和吴三桂等带领精兵火速追击西逃的大顺军，目的是进一步重创大顺军，尽量截留被大顺军运走的金银财物。
  五月初八日清军在庆都城东追上大顺军，大顺军被清军击败，接着清军又在真定再次获胜，大顺军抛弃甲仗无数，拥积道旁，清军、吴三桂军搬不胜搬，移不胜移，着实发了一回大财，吴三桂也在乱军之中得到了陈圆圆，这两人终于破镜重圆，而大顺军在畿辅已无法立足，经井陉退入山西，留下大将马重禧这一支精兵扼守固关，追击的清军于五月十二日返回北京。
  五月二日，北京城里的官绅士民并不清楚吴三桂已经投降清朝，纷纷传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位因此准备了皇帝的卤簿法驾出城迎接，原明官吏立崇祯牌位于午门哭临，并忙备车驾仪仗出朝阳门迎接太子，不久有数万骑兵到来，臣民仰视，却是清摄政王多尔衮，正在惊愕间，清兵已大队入城，次日，故明官吏们决定改换门庭，上表劝进多尔衮为帝，劝进表虽然没有被多尔衮接受，但多尔衮看到明官吏肯忠顺清朝，于是着意笼络和留用明朝大小官僚。
  他按帝礼为崇祯发丧，谥崇祯为怀安端皇帝；地方官吏归顺者晋级，抗拒者予以严惩；明宗室来归者，不夺王爵，继续享有特权；安抚百姓，废除明末三饷加派；凡投诚官吏军民皆著剃发；（是为剃发令，这自然引起了汉族人民的强烈反对，二十四日，多尔衮鉴于清统治尚未稳固，宣布收回成命，允许汉人照旧束发）继续镇压大顺军，派新封都平西王吴三桂、英亲王阿济格、豫亲王多铎率兵兼程追剿李自成、张献忠，这就使刚入关的清统治者很快取得了京畿一带官僚士绅的支持，清军在京畿直隶站稳了脚跟。
  大顺军在山海关战败的消息传开以后，原大顺军控制区内的明朝官绅，认为举事的时机已到，纷纷纠集兵力发动起义，推翻当地的大顺政权，这些发动起义的官绅绝大部分是以明朝为正统的，他们旗帜大抵是“擒贼复明”。
  四月二十七日，山东德州乡绅明朝御史卢世？、赵继鼎、主事程先贞、大学士谢升之弟生员谢陛发动起事，推举逃难到该地的明宗室庆藩奉国中尉、香河知县朱帅？为盟主，假称济王号召远近，山东和北直隶的许多地方官绅群起响应，不到一个月就占领了山东省德州、济南府、东昌府、青州府、临清州、武定州、高唐州、北直隶的河间府、大名府等州县。
  大顺军撤入山西以后，清军停止了追击。返回北京休息整顿，所占地方不过是京师附近一带，李自成却同刘宗敏等高级文官武将率领主力继续西撤，于六月初渡过黄河返回西安，尽管他在固关留下了大将马重禧，在大同、阳和留下了制将军张天琳，在晋东南长治留下了大将刘忠，路过太原时留下姜瑄、姜有光守御，在晋西北保德留下了降将唐通，晋南临汾又有绵侯袁宗第统兵八万人屯于挂甲庄。
  田承嗣是四月初四日得到北京城失陷的正式消息，于是派人通知了朱媺娖，只是没有告诉她父皇已经在煤山吊死了，本来北京城回的来探子，也没有得到崇祯皇帝死了的消息，所以算不上是对朱媺娖的欺骗。
  四月初八日，田承嗣才得到崇祯皇帝已死的消息，由于朱媺娖起病倒了，田承嗣没敢这个消息告诉她，不过北京城被大顺军攻陷，锦衣卫也就不用急着北上勤王了，现在最重要是怎么才能够掌控江南半壁江山。
  四月初十日，曹州红娘子传来消息：抢劫田府财物的土匪，就是刘泽清的拜弟齐威，在巨鹿被曹州锦衣卫围剿，歼灭和杀俘一千二百多人，齐威兵败不能脱身，最后只得自杀身死，锦衣卫一共取回来了一百万两银子的财物，还有三百多万两银子的财物被藏匿，或被别的土匪分走了，初三日，在巨鹿北面的韩家寨附近，遭遇大顺军刘芳亮部数万兵马，曹州锦衣卫放弃继续北上，全军向南退回了曹州府。
  随着曹州锦衣卫的南撤，搜索四皇子朱慈照和袁承志的计划落空，田承嗣暗叹人算不如天算，自己一直打四皇子朱慈照的主意，到头来还是竹篮打水一场空，田承嗣把目光盯在了朱媺娖身上，崇祯皇帝的三个儿子都不在的时候，让朱媺娖以公主身份监国，应该跟一个可行的办法吧！
  而金陵城得到大顺军的攻克北京消息，是四月初八日，淮安巡抚路振飞根据塘报，向当地官绅宣布了京师失守的重大变故，并于初九日把这个塘报传到金陵城，这个消息在金陵百姓中震动很大，南京六部等高级官员，.当大顺军向北京进军时，部分官员知道京师难保，已经作了从海路迎接太子朱慈烺来南京监国的准备。
  南京（金陵城）六部等高级官员虽然得到了北京陷落的消息，却由于对崇祯皇帝和他三个儿子的下落不明，他们不敢轻举妄动于是严密封锁消息，金陵城在明朝初年是帝国的首都，永乐年间迁都北京以后，南京作为留都一直保留了六部、都察院等一整套与北京相对应的中央机构.这种两京制度的特点是：皇帝和内阁大学士等决策人物都在北京，北京的六部等衙门是名副其实的中央权力机构，南京各衙门多为虚衔，公务清闲任职官员被称为“吏隐”，但地位一般不低于北京相对应的衙门官员，在留都握有实权的是南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监和提督南京军务勋臣。
  四月十七日，从北京逃出来的原大学士魏炤乘证实，北京朝廷已全部覆亡，作为留都的南京很自然地成了明朝的政治中心，这让当政和在籍的大臣如雷轰顶，顿时乱成一团，对于他们来说当务之急是立君，而崇祯皇帝的三个儿子，有两个被大顺军俘获，只有四皇子朱慈照下落不明，这样朱慈照就是大明皇帝最够资格的继承人。
  就在所有的人把目光放在朱慈照的身上，期待着朱慈照出现在江南时，四月十九日，淮安巡抚路振飞有传来消息：据跟随锦衣卫指挥使安建清南下的锦衣卫证实，随安指挥使南下的四皇子朱慈照被大顺军俘虏；这样崇祯皇帝三个皇子都未能逃出北京，在没有直系皇位继承人的情况下，南京及其附近地方的大臣、勋贵、太监、将帅们，对拥立哪一位藩王的问题上展开了一场勾心斗角的斗争。
  .以血统亲近而言，崇祯皇帝的祖父神宗朱翊钧的子、孙还有福王朱由崧、惠王朱常润、桂王朱常瀛，神宗兄弟的儿子则有潞王朱常淓，按照封建伦序观念，自然应该首先考虑福王、桂王、惠王，而在福、桂、惠三王中朱由崧又处于优先地位，淮安巡抚路振飞更是遗书南京兵部尚书史可法，谓伦序当在福王宜早定社稷主。
  田承嗣也坐不住了，为了让朱媺娖监国，先后给老师史可法、南京司礼监兼守备太监韩赞周、凤阳总督马士英、兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等通气，除了司礼监兼守备太监韩赞周、凤阳总督马士英回信敷衍田承嗣，其他的人理都不理他，史可法更是严词斥责田承嗣贪恋权力，并说大明决不允许出现女人主政的局面。
  朱媺娖也病得很重，而且对监国一事并不很积极，田承嗣在朝廷里就是一个孤家寡人，连阮大铖都躲着不愿意见面，这次田承嗣要面对不仅仅是东林党，而是整江南的官僚士绅，谁叫田承嗣要逆天而行呢！
  江南士绅中有部分东林党人，因为朱由崧的祖母是备受神宗宠爱的郑贵妃，从万历到天启朝廷上围绕着储君问题展开的“妖书”、“梃击”、“移宫”等斗争，使得神宗和郑贵妃希望立福王朱常洵(即朱由崧的父亲)为太子的图谋才化为泡影，他们担心一旦朱由崧登上帝位重翻旧，自己在政治上将会失势，强烈反对由福藩继统。
  在籍礼部侍郎钱谦益被视为东林党魁他两次从原籍常熟赶往南京以“立贤”为名到处游说，提议迎立潞王朱常淓，支持钱谦益的有南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等人，具有举足轻重的南京兵部尚书史可法也倾向于东林党的人物，他内心里对拥立福王有所顾忌，但又认为应该按伦序迎立神宗的子孙。
  关键时候福王府旧人，凤阳监军太监卢九德，说服凤阳总督马士英和高杰、刘良佐、黄得功、邱磊四总兵支持，马士英立即以凤阳总督和四镇的名义，正式致书田承嗣和南京守备太监韩赞周宣布拥立福王朱由崧。
  当南京各大臣被韩赞周邀请到家中传阅马士英的书信时，虽然不少人感到震惊，但是他们既无兵权，立桂、立潞的方案又已胎死腹中，这些人又不愿意借助田承嗣的力量，只好违心地表示同意，拥立潞王朱常淓的主要策划人物钱谦益也态度软化，东林党魁的态度如此，其他原先追随拥潞的人也可想而知了，福王继统已成定局。
  马士英给田承嗣许了封侯和继续总督河南、山西、山东三省，要田承嗣息了长公主朱媺娖监国的念头，韩赞周受卢九德所托，说只要田承嗣愿意拥立福王朱由菘，福王登基后给田承嗣封万户侯加武官一品。
  田承嗣是嗤之以鼻，也没给马士英、韩赞周回信，而是给在凤阳府附近的蒋尚武、蔡大山密令，要蒋尚武、蔡大山在凤阳府搞出点动静来，四月二十七日，蒋尚武、蔡大山对一旁监视锦衣卫的凤阳官军发起了攻击，一举打垮了锦衣卫当面之敌，监视锦衣卫的山东邱磊部伤亡三千多人，被俘虏四千多人，而邱磊被锦衣卫火铳打倒，被马群踩成了肉泥。
  锦衣卫和凤阳驻军发生冲突，震惊了整个江南，使得江南的官僚士绅百姓，不得不正视田承嗣的存在，忽视田承嗣的锦衣卫，会带来不可想象的后果，田承嗣把这次行动，说成是锦衣卫和凤阳驻军长期摩擦造成的恶果，惊呆了的南京官员们，第一次没有使出文人的大吵大闹，而是一起抱团商量怎么对付田承嗣。