幽魂月为了得到盘古石就去找幽祖，问盘古石在什么地方。幽祖说盘古石是哪吒和石矶争夺的宝物，大魔头石矶利用一朵石头花吸食大地之脉，吸食着这天下人的命脉，想从此掌控天下。
  哪吒与姬发等人拼尽全力去阻止，经历一波三折，双方见面之时，石矶已霸占了大地之脉，并用它当作保护伞，哪吒若是还击，会导致天下大乱。
  二人抵抗着却无法还击，然而他们却选择坚持到底，生死与共。千钧一发之时，姬发的护身符发光了，石矶失去了大地之脉的保护，双方之间又开始展开斗争。哪吒追着石矶，双方打着打着，偶然间哪吒发现了这个藏在深处的大地之脉最终合成的精华————看得见摸得着的盘古石。
  哪吒想要把它拿走，石矶挥刀砍了过来，不慎砍到了盘古石，盘古石一分为二，二人各拿了一半。石矶想要抢走哪吒的另一半，不料被触动的龙脉导致浩劫降临，巨大的威力将哪吒、姬发、石矶几人一起炸飞，大家各自被飞向了不同的地方。盘古石一半在石矶手里，一半在哪吒手里。石矶拿不到另一半，暂时无法得到全天下，而哪吒手中也只有半块，天下暂时也无法得到真正的太平。
  哪吒被炸飞到了岐山，被炸飞到其他地方的重伤的石矶派申公豹和九尾狐狸妲己一起去岐山偷哪吒那另一半的盘古石。二人刚刚偷到手，不料被女娲娘娘和太乙真人抓到，并将盘古石还给哪吒，告诉他盘古石的重要性，要他好生保护，并要他尽快找到石矶手上的另一半。申公豹与妲己想办法逃跑后，回去报告石矶。石矶想办法找到二郎神杨戬，并欺哄蒙骗他，说盘古石是自己的镇山之宝，骗得他去盗取盘古石。杨戬与哪吒还有岐山精灵山鬼等人大战数场，彼此误会解除，最终站在一起。石矶又找到冰怪，结果最终大家将冰怪打败。大家一起去找石矶，功力还未恢复的她只得设计跑去昆仑山找共工，想依靠共工的保护。
  哪吒追到弱水，不想弱水没有一点浮力，他一下子掉了进去，功力全失。经过太乙真人的指点，他和小伙伴们一起去神奇山谷，历经各种考验，最终得到了风火轮，恢复了功力。共工不愿参与这些斗争，石矶就在其中挑拨离间，说是哪吒想要找他的麻烦。
  共工大怒，派出魑魅魍魉四位妖怪一起对付哪吒，并将毒蝎魔杖交给石矶。哪吒和小龙女设计将这四位妖怪打败后，又与拿着毒蝎魔杖的石矶大战，小龙女为保护他，不幸被魔杖刺中，当时他们没当回事。正当石矶要再次出手之时，共工出现阻止，并将哪吒带走。很快，共工发现自己误会哪吒了，于是二人一起回去。当他见到石矶之时，故意问他一些问题，发现石矶仍在欺骗他，不由得勃然大怒，狠狠打了她一下，石矶刚刚勉强恢复的功力顿时又一次大失。
  石矶落荒而逃，哪吒也随之离开了昆仑山。石矶逃到骷髅山，哪吒想要砸掉石矶庙，不想小龙女突然性情大变，要和石矶站在一起。石矶得意极了，告诉哪吒被毒蝎魔杖刺中的人，将会变成妖怪，将会听命于她。小龙女时时发作，时好时坏，与哪吒还有小猪熊一起来到东海跟前。东海龙王出现，先是用小龙女平时与哪吒联系的小海螺将她的心灵洗净，让她有了初步的清醒。
  然而随后月蚀之夜将要来临，那样小龙女还是难逃变成石矶的奴仆的命运。东海龙王拿出龙珠，另一个月亮出现在了空中，小龙女终于完全恢复。小龙女找到石矶，毫不犹豫地选择偷袭她，哪吒再次出现。石矶发现走投无路，便拿出自己手上的半块盘古石，威胁哪吒如果再敢靠近，就将它毁了。哪吒拿出自己的半块，对盘古石说希望它们复原。
  盘古石合二为一，终于复原了。石矶想要再次得到它，却失败了，之后她想逃走，却被哪吒的乾坤圈击中掉下悬崖，元气大伤，并再次失去人形。之后女娲娘娘出现，赞扬了哪吒的功劳，并将盘古石归还大地，从此任何人也不能在得到它，任何人也不能在破坏大自然的和谐。
  幽魂问道幽祖听你这么说盘古石归还大地了，哪就是得不到了是吗？也不能这么说据我所知既然盘古石能回归大地就能离开大地，只要有足够的法力和灵气盘古石还会再显身的。我们可以试试让盘古石再出来的，事不宜迟现在就去三界凡间让盘古石显身。
  幽祖带领幽灵界法力最强大的所有幽灵和三派首领，以灵光进入三界来到凡间的一座山上，他们合力做法，不一会地动山摇，天玄地转。正在这时被玉帝发现，派人来阻止他们得到盘古石，四大天王天兵天将和八仙一起对战幽灵界。
  双方展开了一场大战，虽然天兵人多势重，但是还不是幽灵界的对手。幽灵界来的都是灵界最有实力的人物，别说四大天王八仙和天兵天将了，就算再来十个和他们法力一样的人物也不一定能胜了。
  眼看四大天王和八仙要撑不住了，就在紧急关头之时，原始天尊来了，霞光万道，瑞彩千条。原始天尊说你们退下，天神们都退出圈外。
  原始天尊看着幽魂，你上次去盗宝被我发现，我看你修炼不易，不想伤害你，让你回去劝劝你们幽祖，没想到你这次又来了，是何道理？幽魂有些不好意思的站出来，没错，我又来了，你们霸占三界数万年之久，为何我们不能在三界生存，我们不服，所以来夺三界。
  原始天尊笑着说，每个人都有每个人的去处，因人而异，不是什么人都适合的，你们还是回去吧！以后别来三界了！幽祖听了大怒，怎么了，我们不能来吗？别以为你法力高强我就不敢和你斗，你别忘了，我们幽灵是不死不灭的，今天我非要和你一比高低。说着幽祖混元之气向原始打去，原始只是手一指一道金光便挡住了他的混元之气，两人法力不分上下，僵持不下。由于幽祖刚才施法取盘古石耗费了法力，体力不支最终败在原始天尊手下。幽魂和幽影看幽祖败了带着幽走逃回幽灵界。