此时的忍界，总体来说，表面上是木叶村力抗岩忍村跟雾忍村两个村子，而砂忍村跟云隐村退出了战斗，但是内地里却是各种阴谋迭起，风起云涌。
  首先是砂忍村，砂忍在被木叶打败后，心有不甘，加上风之国大名故意减少开支，所以刚上任的第四大风影罗砂不得已之下实行了精英忍者策略，一边磨练着手下，一边找寻机会报仇。
  其次是云隐村，在ab兄弟带着三代雷影的尸体回到云隐村后，不久第四代雷影-艾就上任了，对于岩忍村的仇恨，对于木叶村的不甘，让他奋发图强，一边磨练着自己的雷遁，一边盯着忍界找寻机会。
  最后是雨之国，虽然木叶跟砂忍不再打架了，但是木叶跟岩忍的战斗还在影响着他们，作为现任首领的半藏来说，其实这都不是最重要的，最重要的是国内的组织“晓”。这两年“晓”发展是越来越庞大，即便他们是打着和平的口号，但是卧榻之下岂容他人鼾睡，半藏不得不提高防备，因此心里除掉“晓”组织的念头越来越强烈。
  除了这些大国之间的谋略外，还有一些野心家的谋略。
  第一类人就是大蛇丸、蝎这些科学研究狂人，他们悄悄的活跃在各大战场上，收集一些尸体材料，做着各种各样的研究，对于战争，他们巴不得越打越激烈呢，所以稍微制造点矛盾也是乐意之至。
  第二类人就是团藏这样的政治黑手，为了达到自己的一些目的什么的，无恶不作，没有底线。
  ……
  镜头转到团藏身上。
  在团藏被猿飞日斩从对云隐村战场调走后，他便明白了猿飞日斩的筹谋，之前放他去当一个总指挥只是权宜之计，因为人手不够啊，一旦波风水门有了空闲，立马就会将他取而代之，说到底还是猿飞日斩心中对他不信任。
  随即团藏又想起了幼年时候的点点滴滴……
  那时候，为了保障意志的传承，第二代火影扉间建立了木叶忍者学校。
  其中，少年时期的猿飞日斩、志村团藏、宇智波镜、秋道取风、水户门炎、转寝小春等人为木叶隐忍者学校的同期学员。
  他们一起学习，一起玩闹，还一起做任务。
  后来宇智波镜死了，猿飞日斩当上了火影，而他、水户门炎、转寝小春和秋道取风都成为了猿飞日斩的助手。
  他记得在猿飞日斩当上火影的时候，他曾对猿飞日斩说过这样的一句话：你是沐浴阳光的木叶，我是深埋地下的根。
  后来两人因为理念的不和渐渐的形同陌路，彼此之间的提防跟隔阂也越来越大……
  想到这，团藏的泪水打湿了眼眶，喃喃自语：“日斩啊日斩！没想到你竟然对我不信任到这种程度，呵呵……”
  良久，团藏将眼里的泪水震散，一脸阴沉：“但是我还是依然坚持我理念，看着吧，日斩，第二代火影的冷酷思想将由我彻底继承下去。”
  虽然团藏遵守猿飞日斩的调动，踏上了去往对雾忍战场，但是暗地里跟大蛇丸的联系更加密切了，双方进行着一系列不可告人的秘密。
  同时为了扩大自己的影响力跟外部盟友，于是团藏悄悄的联系上了雨之国的半藏，而此时的半藏正被国内的“晓”组织搞得焦头烂额，不知道该怎么除掉他们呢，因此便跟团藏勾结了起来。
  另一方面，团藏收到“根”传来的消息，说是岩忍村私底下跟“晓”正在积极会谈，这让团藏不能接受，怕两者对木叶不利，毕竟这会岩忍正跟木叶打仗呢。
  于是团藏就让他的手下们伪装成岩忍，向雨隐村附近的村庄多次进行屠杀，嫁祸给岩忍，并在弥彦长门小南前往土之国的途中发起袭击，为防止留下木叶的证据，更是下令将全部尸体就地烧毁。
  最后“晓”跟岩忍村的洽谈因此没有成功。
  另一方面，感觉到“晓”的威胁的团藏想出一点釜底抽薪的计策，那就是与雨忍首领半藏暗中合作，一起铲除以弥彦为首正在崛起的晓组织。
  团藏这个建议正中半藏下怀，于是两人私底下设计了一个阴谋，那就是让半藏出面，欺骗弥彦、小南跟长门说，想借用他们的力量，向火、风、土三大国提出和平的交涉提案。
  这时虽然砂忍跟木叶刚停战，但是岩忍还在跟木叶打，雨之国无时无刻不处于战乱之中，于是天真的弥彦他们三个就信以为真了。
  约定的那一天，弥彦三人兴高采烈的到达了会谈的地点，他们还在为终于能结束雨之国战乱的结果而雀跃，没想到，半藏却趁机擒获了小南，这时三人才发现这根本就是个阴谋，半藏已经在这里布置了重重埋伏，其中还有团藏“根”伪装成的木叶暗部。
  半藏抓着小南猖狂大笑：“哈哈！愚蠢的人啊！想要这个女孩儿的命，那就杀了你们的首领弥彦！”
  为了救小南，悲伤的弥彦只能让长门杀死自己：“来吧！长门，是我无能，没能发现敌人的陷阱，是我没能照顾好你们，杀了我吧！以后你就是晓的新首领，要带着我的梦想好好走下去。”
  可是长门怎么下的去手，而旁边的小南也哭着求着弥彦别管她，但是弥彦怎么能不管她呢？他一直就像个哥哥一样，守护着小南跟长门两人。
  如今就让他自己守护两人直至生命的终结吧，弥彦这样想着，于是一咬牙自己撞上了长门手里的苦无，自杀而亡。
  后来长门才发现，即使弥彦死了，半藏也没有丝毫放过小南的意思。
  于是长门怒了，因为弥彦的死，小南的被抓而怒了，使用了轮回眼的力量，杀出一条血路，成功的救回了小南。
  半藏认出了轮回眼，自知敌不过长门的他，仓皇逃回了位于雨之国的大本营。
  弥彦的死让长门对于整个世界失望了，这时一直关注着这一切的宇智波带土出现了，他把自己伪装成宇智波斑，诱导长门。
  于是长门在仇恨的驱使下认同了带土的思想，他将好友弥彦的尸体改造成了“天道”，并且回到雨之国，将半藏杀死报仇。
  因此，那个以前为了维护和平的晓组织，逐渐沦为一个灭世的邪恶组织。