崇祯三年7月5日，kemphaen与3艘中国帆船到达南澳。7月7日，新任荷兰台湾长官普特曼斯率领以密德堡号为旗舰的十三艘荷兰战舰，以突然袭击的方式对明朝管辖的南澳发起了进攻。明南澳守军立即还击，激战中，把总（守备队长）范汝耀受重伤，17名明军将士阵亡，而荷兰军亦有相当伤亡，不得不解围北上。
  7月11日，wieringer在掠劫途中与26艘明军战舰接触。7月12日，荷兰舰队来到厦门，当时厦门港内停泊着几十艘明廷和郑芝龙军的待修船只。此时南澳战斗的消息尚未传来，明军厦门守将张永产正在泉州操办器械，郑芝龙也正在率主力部队在福宁休整。因此荷兰舰队tessel、weesp、couckebacker、catwijck、kemphaen对厦门港内的明军战舰发动突袭，击沉25~30艘大型战船及15~20艘小型战船。傍晚，厦门商人至荷兰舰队询问攻击理由。kemphaen.zeeburch.salm及一艘中国帆船派遣至厦门北部进行掠劫，荷兰人到处抢夺食物外，还迫使厦门、金门、烈屿、鼓浪屿及附近村落每周提供25只猪、100只鸡、25头牛，否则就再度攻烧。中国方面实际处于毫无戒备的状态。结果，荷兰人一举烧毁和击沉了中国方面的15艘舰船（郑军10，明廷5），并登岸“大掠”。偷袭得手后，荷兰人封锁了厦门湾，强迫金厦附近的村庄向荷兰人进贡猪牛等物，并威胁中国方面开放贸易。
  7月14日，郑芝龙派遣使者对荷兰舰队送交信件，要求释放12日扣留的中国商人，并说明荷兰舰队前来厦门攻击中国船只的原因。7月16日，kemphaen、salm以及两艘中国帆船至厦门北方浯屿进行掠劫，venlo号快船从巴达维亚至厦门，厦门商人代表再次前来荷兰舰队提出供给一定数量家禽家畜以换取荷兰舰队不至附近陆地进行掠劫的条件。7月18日，zeeburch、venlo、一艘中国帆船前往围头湾巡弋封锁金门沿海，kemphaen、salm、一艘中国帆船前往马嘴湾封锁漳州河和金门烈屿方面航道。7月19日到22日，zeeburch掠夺1艘柬埔寨船、1艘广东船，2艘中国帆船，其上分别载运盐和西瓜。salm及kemphaen掠夺2艘马尼拉的中国帆船，但其中1艘中国帆船很有技巧的逃走了。
  7月24日，郑芝龙派遣代表前往荷兰舰队，并提出只要停止战争并撤回印度尼西亚，荷兰即可派出船只与中国贸易，荷兰方面回绝此要求。7月26日，中国方面的答复来了，荷兰人提的条件是中国方面立即停止同西班牙、葡萄牙等国的贸易，只能与荷兰人贸易，同时交还台湾，否则将再度开战。中国方面的答复是：荷兰人先赔偿战争损失，退回印度尼西亚，然后才有可能谈判商务方面的问题，这种谈判纯属鸡同鸭讲，没有可能成功。荷兰人再次进攻厦门，游击张永产和同安知县熊汝霖督度明军迎击，荷军败退，10余名荷兰士兵被杀。明朝海军追至外洋，因风向不利，经两昼夜未能接敌而回。败退的荷军在海上游弋二十余日，不敢再攻厦门，于是转而从料罗湾进窥海澄境，海澄知县梁兆阳率兵夜渡金门浯屿，袭破荷军，焚其小舟三艘，获五艘。浯屿之战后，荷兰人由于接连吃亏不敢贸然进犯，明朝地方管员也在等待朝廷对于这次明显不是小打小闹的冲突的处理意见，因此在整个八九月份的台风间隙里，明荷双方只保持小范围的接触。27日，普特曼斯派遣使者前往刘香以及李国助据点，寻求支援，要他们与荷兰人联合起来对中国开战，荷人愿意提供大员、巴达维亚及其它要塞之处给海盗做自由停泊买卖。
  29日，荷兰舰队将宣战书答复送交明朝代表，明荷双方正式宣战。荷兰在宣战书中提出数项条件作为停战要求：希望拥有在漳州河、安海、台湾、巴达维亚自由贸易的权利，在鼓浪屿建立贸易据点可派遣代表至中国沿海城市收购商品，船只能在福建沿海自由停泊，不准任何中国船只前往马尼拉，荷兰人在中国享有与中国同等法律权利，中国交还台湾。
  崇祯三年7月31日，balam、boucaspe从大员到厦门支援荷兰舰队。海澄守军对荷方陆上据点发动突袭，杀死1名荷兰人。
  崇祯三年8月3日，荷军得知明朝方面进行动员，除了军队以外征调民船以及物资制造火船，并对火船士兵发出：“烧掉荷兰船得200两赏银，取得一个荷兰人头颅得50两赏银”宣告。荷军自攻打厦门经过22天，荷军已感受到明军军事压力及悬赏令的恐怖威力。普特曼斯写给刘香的信中提到：“……一官屡屡用放火船及兵船企图于漳州河压倒我们，我们不时受到损害及耻辱而不得不逃走……”荷军于是将必要的财货转移到吃水较深，不易受到放火船攻击的密德堡号上，再转运到澎湖，普特曼斯的海上优势，因郑芝龙的出现突然之间消失殆尽。6日，boucaspel从大员前往厦门支援荷兰舰队。7日，middelburch前往澎湖，bleyswijck自巴达维亚前来厦门支援。8日，荷兰使用的一艘中国帆船受到明军8艘船只拦截，并未损失。12日，salm、weesp、boucaspel、kemphaen前往厦门进行第二次攻击。遭到明朝军队反击因此没有获得任何战果，荷方受伤5人。14日，50艘明军船只自金门岛西边，80艘至金门岛东边监视荷兰舰队；并使用7艘火船对weesp攻击未果，全数遭荷兰舰队击沉。荷方损失1人。17日，venlo装载掠劫到的货物前往日本。18日，40艘火船攻击荷兰舰队。在尚未贴近前被荷兰舰队发现率先攻击，攻击未成逃离并自行引燃部份火船，荷兰舰队追击并击沉了18艘火船，balam以及三艘中国帆船前往澎湖群岛拦截自马尼拉回国的中国商船。22日，warmont及brouwersheaven前往澎湖，荷兰派出salm，kemphaen及一艘中国帆船前往斗美村进行掠劫。因触礁使得中国帆船沉没。27日，荷兰舰队从厦门湾转移至漳州河停泊。29日，7月至海盗根据地交涉的使者返回荷兰舰队。此时在后方观战刘香，李国助正式与郑芝龙联手。8月30日，oudewater自巴达维亚至厦门荷兰舰队处，荷兰舰队转移至东山。31日，荷兰舰队派出salm，boucaspel及3艘帆船加上海盗支援的5艘船舰夺取刚至铜山港的商船。荷兰与明军发生冲突，荷兰胜利并成功夺取商船以及货物，并成功烧毁掠夺铜山防御线以外的船只以及村落。
  崇祯三年9月2日，oudewater离队前往日本。5日，普特曼斯在铜山避风后，不忘强盗本色，攻击铜山一带，抢了一些牛、猪、鸡。8日，荷兰军队自东山上陆掠劫时受到明军围剿，荷方5人受伤。13日，kemphaen被暴风吹离舰队。14日，海盗2艘船只与荷兰舰队合流，并带来郑芝龙在福州河以及泉州河集结火船的消息。16日，福建巡抚熊文灿前往福建进行调兵。并任命郑芝龙（前锋）、南路副总高应岳（左翼）、泉南游击张永产（右翼）、澎湖游击王尚忠（游兵）、副总兵刘应宠.参将邓枢（中军）为对荷兰舰队的军力部署。郑芝龙自行出资购买英国炮加装于明军舰。同时荷兰舰队再次前往漳州河停泊。18日，海盗派出6艘船只与荷兰舰队会合。19日，荷兰舰队再次前往东山停泊。22日，朱由检十分不满红毛人在中国杀人放火掠夺财富，下令派路振飞为巡按查办，福建巡抚熊文灿接到圣旨，崇祯皇帝严令惩荷。熊文灿立即飞谕各地文武将吏，不许再谈“互市”二字，“誓以一身拼死当夷”。10月12日，熊文灿邹维琏自省城抵达漳州，檄调诸将，大集舟师。以郑芝龙为先锋，高应岳为左翼，张永产为右翼，王尚忠为游兵，吴震元、陈梦珠记功散赏。安排停当后，散发海战方略给各位将领。28日，荷兰人决议再将舰队开往金门，但又遇台风，直到10月初未曾离港。
  崇祯三年10月2日，荷方派出weesp，tessel前往暹罗，刘香舰队12艘帆船抵达荷兰舰队处。6日，普特曼斯与海盗共同抢劫一个不知岛名但有农夫、有米、有动物的岛，刘香在荷兰人走后，立即把岛上的渔民收编入自己的队伍。7日，catwijck、boucaspel因风暴搁浅损毁。8日，中国方面有下列记载：“……初六日（阳历十月八日）……至古雷吉钓湾，见有夷船一只，近在岸旁，即督昆等带领冲锋兵三十余名喊杀，夷众忙乱跳水者，下沈者，被我兵杀死无数，抢获三十余名，斩级十余颗……”。10日，荷舰受到明朝战舰的攻击，海盗马上救助荷兰人，并向普特曼斯邀功。13日，8艘海盗船只与荷兰舰队合流。15日，熊文灿至海澄指挥明军舰队，福建巡抚熊文灿在海澄誓师，令郑芝龙为前锋，亲自渡过海澄，誓师督战。17日，明军得知荷兰舰队以及海盗舰队位置以及规模（夹版船9艘，海盗50多艘），下令福建所有明军水师出击。18日，明军在铜山外海以8艘战船，2艘火船拦截2艘荷兰船只，19日，明军主力部队集结完成。
  厦门之战损失最重当属郑芝龙，损失的人马既是部下又是绿林兄弟，因此，除了明朝官方的赏格外，郑芝龙本人动用了江湖令。他用自己的私人金库对手下发出赏格：参战者每人给银二两，若战事延长，额外增给五两。每只火船16人，若烧了荷兰船，给银二百两（16人分），一个荷兰人头给银五十两。考虑到当时朝廷的七品官月俸是如此的低廉，这个赏格相当之高。高赏格加上江湖义气激起的愤怒，使得郑芝龙的部下士气高涨。在明方积极备战时，荷兰人也不敢怠慢，他们招来了未曾被郑芝龙剿灭的海盗余部为增援，这以后的一段时间里，双方重兵集团互相搜索，互寻战机。直到10月22日，最终爆发了料罗湾大战。
  荷兰舰队8艘帆船以及海盗50艘大小帆船与明朝水师50艘大型战船100艘火船对抗。黎明，得到可靠情报的明军主力一百五十艘战船悄悄开到了金门岛南部的料罗湾口，在那里，正停泊着荷兰-海盗联合舰队的全部主力。当发现明军来袭时，荷兰舰队摆开了一个荷兰战舰居中，海盗船四散策应的防御阵形，明军舰队则在料罗湾东南角展开，以郑芝龙部队为先锋，顺东风采取了两路突击，黑虎掏心的战术。按照事先布置，明军主力部队全部直奔荷兰舰队，只以辅助部队对付海盗船。同时，他们采用了荷兰人在欧洲战场从未见过的打法――火海战术。明军150艘战船中，只有50艘是炮舰（装备英国炮），其余100条小船清一色的火船，随着一声令下，在大船火炮掩护下，百条火船蜂拥而上搭钩点火。brouckersheaven遭烧毁，weiringen遭击沉，slotendijck遭掳获（船上约100人遭俘虏），其余船只在面对明军强大实力全部在受重伤后逃走。参战海盗全军覆没在了料罗湾。
  料罗湾海战被俘虏的荷兰人约计百人。据福建巡抚熊文灿奏报的战绩：“计生擒夷众一百一十八名，馘斩夷级二十颗，焚夷夹版巨舰五只，夺夷夹版巨舰一只，击破夷贼小舟五十余只，夺盔甲、刀剑、罗经、海图等物皆有籍存。而前后铳死夷尸被夷拖去，未能割级者，累累难数，亦不敢叙。”明朝方面，此场战役之后原先对海禁政策采强硬态度的福建巡抚熊文灿遭到撤职，继任者对于新政政策的推广，有效的促进了沿海的经济贸易，当然海盗事业也得到了蓬勃发展。
  料罗湾大战后，明军乘胜追击，又连续与荷兰人发生小规模海战，一直将荷兰赶出中国沿海为止。崇祯四年，荷兰人再度派朗必即里哥率大型战舰9艘骚扰中国沿海，数次击败明朝水师的小型船队，但最终又被郑芝龙遣人携带盛满火药的竹筒泅水攻击，一连焚毁5艘，朗必即里哥大败而回。直到此时，明朝舰队最终夺取了从日本到南海的全部东亚制海权。此后，大老板的声誉传播与海外，当时凡航行在东亚地区的船只，都必须花钱购买明朝的令旗，若无此旗，在东亚海面被拦截的概率超过百分之五十，若在东南沿海，则百分之百被拦截。最后就连台湾的荷兰人都不得不偷偷地以日本船的名义购买令旗，当时中国东南沿海在明廷和平的笼罩下正在平稳的发展。
  荷兰方面，东印度公司在此之战明确认知其与明朝武力差距，放弃以武力方式解决与中国间的贸易问题，而郑芝龙在战后对荷兰方面的善意回应，使得荷兰转回与郑芝龙合作。荷兰在此战役对中国的损失丝毫不须赔偿并且还得到了明朝方面稳定供货保证，自此之后东印度公司与中国方面维持稳定的贸易行为直到明荷东南亚海上争霸战争全面爆发为止。