在航海时代，各国为了各自利益，纷纷开始殖民地掠夺，其中贵金属是重点对象。但是奇高的士兵死亡率却让很多国家望而却步，拿破仑之所在把现在的美国东北部卖给当时的美国，除了英国这个因素外，还有就是派到加拿大殖民的三万军队几乎都被瘟疫给毁了。可见瘟疫之大害，航海遥远路程上的死亡还有，开拓过程中战争，疾病等原因的死亡，能好好活下来的十有五六而已。
  除了战争死亡之外，流行病的困扰也是非常严重的事情，各国于是纷纷开启了，军事医学的研究，以确保自己的士兵不倒在疾病上面。其中天花，疟疾，肺结核，麻风病，败血病，伤寒，鼠疫，肠道疾病等都是研究的重点，及时是刀剑枪枪，死亡率也非常的高。所以秦睿这个阶段特别重视疾病预防。
  葡萄牙人来到东方贸易，从里斯本到广东，以当时条件大约需要10个月的时间，期间要忍受海盗的袭击，好望角大风暴的侵扰，还有各种各样的疾病，近20%死亡率，吓傻胆小者，所以敢于出海讨生活的人，就勇气可嘉都是胆大之辈，且海上弱肉强食一不小心就。
  秦睿就自己之前所了解到的知识，尽可能的引导医学的发展。以减少航海及殖民地的开拓过程中的死亡率。
  值得一提的是，在卫生防疫方面，关于女浴池事情甚引起了误会，传出了笑话。
  从明中期起，大明许多地方兴起了公共浴池澡堂，不过这仅限于一些大城，而且出入澡堂者以男性居多，通常有池堂和官堂二种设备，前者为大浴池，众多人可以同时入浴，后者单独一室，仅容一人，或是仅容数人，内中还有为客人打水或搓澡之人。
  大明的澡堂均不许妇女入浴，不过秦睿决定还是造一个女区，让南海城内妇女一样的享受澡堂洗浴，这个时代女性还是在家里沐浴或擦身体。
  秦睿刚将消息放出来，众人出于对少统领名声考虑，就让李叔过来劝说，什么有伤风化，于理不符……
  秦睿就就反问他们，知道广东那边为什么爆发瘟疫吗？就是因为他们不注意卫生，蚊蝇满天飞，能不传播疾病吗？那些女子同样是我们南海城的居民，如果她们染病，我们同样无法幸免，所以勤洗身当为防止疫病第一要务。李叔还是觉得不妥，就说：“男女混杂洗浴？”确实有伤风化，我们还是想一个好的办法。
  秦睿哭笑不得，没想到传言会变成这个样子，道：“哪里是男女混杂洗浴？那些女子，她们专门有自己的池堂，男子是不得入内的。”李叔恍然大悟，掩面而逃。自此女性开始慢慢的接受公共浴池，开启了大明女性落后风气冲击。
  下面是秦睿对医务人员培训内容：
  疟疾俗称“打摆子”或“寒热病”，经按蚊叮咬或输入带疟原虫者的血液而感染疟原虫所引起的虫媒传染病。主要在黄昏至拂晓期间叮咬。流行区主要在热带和亚热带地区，是高发的传染性疾病，非常容易得，而且传染性极强，潜伏期也非常长，可以达到两年，非常难以清除。
  人类疟疾有四种类型，其中恶性疟和间日疟最常见。恶性疟致死率最高。所以只要你得的不是恶性疟呢，有药物的前提下问题都不大。前期能够得到及时的治疗，疟原虫没有把红细胞全部吃掉，那么恢复过来的几率很大。
  后世中国科学家屠呦呦，通过道教葛洪的医书《抱扑子》寻找到了答案，用乙醚提取了黄花篙中的青蒿素，从而开启了中医治疗疟疾的时代。秦睿用实验室得到的硫酸和无水酒精制的部分乙醚，使用也是低温提取黄花篙里面的物质，效率虽比较低，但也得到的青蒿素含量很低粗品。根据实验效果来看，能够取得不错的疗效。但因为乙醚的制取目前只能实验室萃取，目前无法大规模制取，只能给关键人物治疗。所以秦睿为了预防，将黄花篙叶部粉碎浸泡在酒中，做预防疟疾的药酒。这样就能大规模供给，士兵也能阶段性饮用预防。于是乎医院防疟疾又多了一种方法。
  秦胜这小子最近吃东西坏了肚子，拉了好几天整个人都瘦了一圈，秦睿看着都心疼，秦睿知道有一种生物碱－－－黄连素。对止泻特别有效，记忆中也看过相关粗略提取黄连素的方法。经过多次实验，秦睿终于通过黄连在低浓度硫酸，加熟石灰和氯化钠中，粗略取了黄连素，这不刚使用不到1克的量就治好了。
  让中医院的那帮中医们目瞪口呆。纷纷上前学问方法，秦睿也是被他们给缠怕了，就将方法告诉了他们。黄连素就主要存在于小檗属与黄连属植物中。在应用上，有抗菌、止泻、消炎等效果。提取方法有石灰乳法。
  原来他们才知道前些日子，秦睿向他们借了不少的生产硫酸用的绿矾（硫酸亚铁又成硫酸为”绿矾油”）和黄连。原来是用来制作“黄连素”用的，看到这个粉末如此有效果，秦睿就将方法写在了《道藏·医藏篇》。
  麻风病又叫做风吹来的疾病，有些地方叫“发风”，虽然传染性不强，但因为无药可治，且致畸率致残率高。麻风病的传染源是未经治疗的麻风病人，其中多菌型患者皮肤黏膜含有大量麻风杆菌，是最重要的传染源。
  传染方式主要是直接接触传染，其次是间接接触传染。因为无药可治，所以当年被人发现患病就要被强制隔离，隔离到山里，隔离到孤岛里，无论你富有还是贫穷，年老或年幼。不隔离也不行啊！到哪里都能引起十分大的恐慌，一些地方村民说，只要看到有麻风病人，就会用石头等砸，甚至还有被活活烧死的例子。
  雷公藤，有些地方又称断肠草。相传“神农尝百草，死于断肠草”。几千年来，人们对于神农的献身精神，充满了敬佩和惋惜之情。而这个传说给“断肠草”也抹上神秘的色彩。
  李时珍《本草纲目》记载：“断肠草”人误食其叶者死。李时珍所说的“断肠草”就是“钩吻”。治疗麻风可单用煎服，或配防风、荆芥、白蒺藜等袪风止痒药内服或外用。秦睿以前也是听到断肠草这个词觉得奇怪，查了一下知道能够治疗麻风病。也是有条件的，不是所有类型的麻风都能医治，通过内服外用都有一定的一直作用。万一自己将要殖民的地方发现了麻风病也只能隔离了，药物治疗，生活物品给与保障，至于能不能恢复或者活多久就看天尊老人家了。
  伤寒是沙门氏菌感染症的一种，是常见的传染病，在世界各地都曾发生，通常起源于食物或饮用水遭到带原者粪便所污染，很快造成大流行。它是由伤寒杆菌造成的急性肠胃道传染病，伤寒杆菌会破坏小肠壁，造成高烧及内出血。伤寒杆菌会随著粪便和尿液排出体外，透过苍蝇、蟑螂等媒介传染给健康人，传染力很高。
  在没有抗生素的年代，也是一种非常可怕疾病，所以只能预防。秦睿在南海城每个一个月都会轰轰烈烈的展开一次大扫荡，将所有的可能得隐患全部清理一遍。
  坏血症曾经一度流行于船员、海盗和其他长期在海上作业的人员当中，主要是因为当时水果和蔬菜无法长期保存，在寒冷或干燥地带的居民也会遇到。草药治疗坏血症在各国历史中均有提及，因此古代的饮食中多有准备腌渍蔬果与豆类、奶制品，不过因为不了解根本原因，仍然时有发生营养不足的情况。
  船上依旧只能准备泡菜和自知船上实用豆芽了。发现饮用橘子汁、柠檬汁后，可治疗和预防坏血病，将柠檬汁加入酒内，坏血病才彻底被人类征服。因此秦睿打算给船员配置的大量的柑橘类食材。
  肺结核是由结核杆菌引起的肺部感染，一种慢性全身消耗性疾病。中医对肺结核的治疗主要是通过对肺结核患者的肺肾脾的综合调理达到对肺结核的治疗目的。说人话就是得了富贵病，对能量、蛋白质的需求相对较高，要尽量多补充营养，为此，有人称结核病患者是“穷人”患上了“富贵病”。
  使用滋阴补气的中药，能明显改善症状，使患者的身体状况好转，更有利于肺结核治疗。这个在没有抗生素的年代，肺结核基本是没办法治疗的，秦睿生前时代在20世纪中期才有人发明了链霉素，这才开启了根治治疗肺结核时代。得了这个病还不能熬夜，不能出力，还要吃营养食物除了富贵人家外，其他人也只能小病托大病，大病拖绝症，等死一条路了。
  天花早在公元四世纪时从埃及或印度向外传播。据《清宫档案揭秘》记载，清朝入关后十位皇帝中，顺治、同治直接死于天花，康熙与咸丰虽然侥幸从天花的魔爪下捡回性命，脸上却留下了麻子。人称“康麻子”。
  民间种痘法最早起源于明朝隆庆年间。一般有两种方法，旱苗法和水苗法。旱苗法就是取天花者的痘痂研成细末，加上樟脑冰片等吹入种痘者鼻中；水苗法就是将患者痘痂加入人乳或水，用棉签蘸上，塞入种痘者的鼻中。这两种方法的大概思路都是让种痘的人先患上轻度的天花，出过疹子后精心护理，直至病症消失，就相当于已经得过天花了。
  当时外国来华的传教士对中国的痘术颇感惊异，也很有兴趣研究，留下了不少记载。同时期的欧洲仍然会爆发大规模的天花瘟疫，整个十八世纪，欧洲有几千万人死于天花。有记载表明，俄罗斯曾派人专门到中国学习种痘法。后来这种方法经土耳其传入欧洲。天花虽凶，但由于中国最早发现了防治天花的办法，因而天花在中国并未像在欧洲那样造成空前的灾难。
  秦睿将种牛痘的方法方法告诉研究瘟疫的大家吴又可。他将牛痘肿块中抽出一些液体，后放入人的手臂上的切割口。于是经过一段时间的封闭研究，种牛痘确实见效快副作用小，是一种非常好的预防天花的方法。秦睿为了扩大南海城的影响，将预防天花治疗方法的归在医学院中，秦睿这次又神棍了一次，说这是神的指引。
  对此具有医德医心吴传染病大家吴又可没有丝毫意见。对吴又可搞出了种牛痘方法感到很高兴，奖励一笔医学贡献奖千元，这是对医学有重大贡献的人奖励，鼓励其他人以此为榜样，按下心来扎实研究医学。
  通过聘请大明传染病大家，建立完善的防疫体系，对未来大航海之路，能起到关键的作用。毕竟花费那么大的代价，也不想死那多多人，在登陆初期特别的重要。秦睿又拿出一部分现代医学基础，让吴又可钻研。
  另一方面又花费重金聘请老医生坐诊看病，医院仿照当代医院，设立功能分区和各个专门科室，不仅改变了这个时代医院模式，而且更加有利于医务工作者的专业化培养。更多的为殖民开拓事业添砖加瓦！
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