在让数十名清军吃饱之后，命令他们给明军带路，招降岛上的其他清军，听说明军不杀头还管饭吃，在海滩上摸鱼、在林地草坡上挖野菜的清军纷纷投降，这群饿脱相的清军士兵拼命地往嘴里塞米饭。
  很快，在岛上残存的荷兰士兵也在埃尔伯和爱迪尔的带领下，向明军投降。
  至于从岛上乘坐木筏逃出的清军和荷兰士兵，大部分葬身鱼腹，最终有三艘木筏顺着海流飘向了陆地，数十名士兵沿着驿道逃回了泉州府。
  明军派遣战船将俘获和投诚的清军、荷兰士兵统统运往厦门岛，关进新盖好的牢房里。岛上俘获的清军太多了，以至于原来的牢房都不够用了，联合作战司令部赶紧令士兵在岛上建设了一座新的牢房，用来关押越来越多的俘虏。
  陆军第三军和海军第一舰队目前负责镇守福州城，以及福州城的外洋港口，福州府丁口繁盛，再加上投诚的清军士兵，因此明军的兵员缺额很快得到了补充。
  陆军第二军镇守海澄，第六军负责镇守漳州府城，第七军仍然回师铜山威慑广东清军，漳州乃是人口大郡，并且在围剿清军吴六奇、张杰部时，清军已是强弩之末，明军没有遭到重大伤亡，所以战斗减员很快得到了补充。
  在台湾镇守的陆军第四军在征剿造反生番时的兵力损失很快从移民中得到了补充，并且在台南、台北地区两地有大量可供征调的熟番士兵，还有除非有大的战斗，后续垦殖活动主要有台湾垦殖局负责。
  受损最严重的是陆军第一、第五军，在同安血战中，陆军第一、五两军两万人的满编员额中生还者不足六成，他们已经无法继续作战。
  因此联合作战司令部命令陆军第六军从漳州府驻地与同安城的第一、第五两军换防，由满员的第六军驻防同安城，第一、五两军前往漳州府修整并补充兵员。同时将投诚的何大发的福河团编入第一军，将福州投诚的秦毓、郑洪部官兵编入第五军。
  兵员主要从三方获得，一忠君爱国，自愿参军的本地青壮男子，甄选后编入明军；一从清占区逃亡来的汉人流民，这些人没有生活来源，为稳定地方，同时宣示大明的恩泽，择其精壮编入明军；一从投诚清军，凡是家室在本地的汉人，自愿报名参军，择其优良者编入明军。
  新成立陆军第八军，军长为原陆军第二军一师师长顾卫国，其原职务由陆军第一军三师二团团长黄猛接替，黄猛的原职务则由击伤李率泰的王小虎接替，其兵员一半为从清军投诚、投降兵员里甄选出来的五千名福建本地绿营，一半为从福州府招徕的流民青壮，驻地暂为福州城。
  新成立陆军第九军，军长为原朱钰亲率火铳队二连连长邢军，此人在同安血战中人蓝彪手下第一军二师师长，其职务由投诚的福河团团长何大发接替，其兵员一半为从清军投诚、投降兵员里甄选出来的五千名福建本地绿营，一半为从张煌言从浙江带来的军民中抽调的士兵，驻地暂为福州城。
  满员的明军陆军在驻地加紧训练新兵，并且重点从思想上改造投诚来的原清军官兵，将原来明军的士兵提拔为基层军官充实到新兵中，对凡是痛快地剪掉辫子的投诚官兵重点培养，提拔为基层军官，凡是对剪辫子露出犹豫不定的一律开除出军队。
  对那些被俘清军中的顽固分子，甄选出各级军官一百人、满洲八旗兵三百人、汉军八旗三百人、绿营兵三百人，送往各军，做为新兵毕业的考验项目，这也是当初朱钰练兵时立下的规矩，从那时起，新兵只有刺刀见红才能成为一名合格的大明士兵，这一习俗也成为了大明军队的一个光荣传统。
  再就是海军四大舰队，第二、三两大舰队在围剿清荷联军舰队的金门海战中损失颇大，舰船和士兵各有二至四成的损失。船打沉了还可以再造，这些原来跟随郑成功多年的百战老兵的损失才是令大明皇帝朱钰最为心痛之处，培养一名合格的海军士兵的代价远远高于陆军。
  现在明军的造船体系分为两种，官办和民办。官办船厂主要是原郑成功在世时开办的船厂，位于铜山大澳的铜山造船厂，位于鼓浪屿的金厦造船厂，以及明军在台南市新建的台南造船厂，这类船厂主要建造各型战船，不过台南造船厂还同时建造渔船、商船和运输船。
  民办船厂主要是实力雄厚的闽商控制的家族造船厂，比如漳州府城的林家，就在九龙江上拥有一个造船厂，不过，漳州城破时，林家被抄家，家产的一半充公，一半奖励给了帮助明军进城的原清军漳州城南城门守正霍希睨，这个船厂就赏给了霍希睨。
  破城后的论功行赏，霍希睨坦言不愿在军中供职了，愿意做一名船行东洋、西洋的大海商，一是为了振兴家族，一是做为大明开拓海外的急先锋。
  联合作战司令部本意将其派往政府任职，得知霍希睨的想法后，内阁考虑后，令吏政部将其派往大明贸易总公司任职。朱钰得知这件事后，思索良久，驳回了内阁的奏章，大明需要一批即受政府节制、又有很大自主权的私人海商、甚至海盗，来替大明海外扩张打前站，只要处理好政府与这些海商、海盗的关系，就能事半功倍。
  大明神威皇帝朱钰在与内阁诸大臣及联合作战司令部诸将军商议后，决意给这些个意图在海外经商方向大展拳脚的野心家们开个口子，松绑自明朝中期以来的海禁政策，在大明贸易总公司的框架下成立海外经营委任司，这个司的职责就是发放委任状，凡是个人出海经商都要从该司申领海外贸易委任状，将贸易物品、路线、船队规模、人员数量、武器装备等材料报备，这个委任状有效期三年，经海外经营委任司批准后，便可在大明政府控制的贸易路线中经商，首次申领需付申请费一千两白银，并将贸易物品、贸易对象上报备案，每年还需缴纳一定数额的贸易路线使用费给总公司，数额暂定为贸易额的百分之一。
  对外贸易港口暂时开放福建省漳州府的月港和台湾省的台南安平港，进出口货物要在港口征收关税，由新成立的成立户政部税务司负责征管。
  在大明皇帝亲掌的锦衣卫中任命海外指挥使，该指挥使隶属锦衣卫但不受锦衣卫指挥使赵来福节制，直接对皇帝负责。第一任锦衣卫海外指挥使由易云开担任，此人乃是火铳队一连连长，在攻克海澄城时立有大功，之后调入锦衣卫任指挥同知。凡是海商出海贸易、开拓探险、修建殖民据点等行为均需向海外指挥使报备，并由锦衣卫任命其为锦衣卫千户。
  海商每年还需要将所缴纳关税总额的额外一成上缴给锦衣卫，这部分钱归大明皇帝朱钰的内帑，由皇帝个人支配。
  在海商探险后新开拓的贸易路线中经商，则只需要将该海图及贸易路线贡献给大明贸易总公司，可以减免该海商三年的新开贸易路线使用费，同时，大明皇帝将根据其贡献授予其爵位。皇室制作星云勋章，分为三等，分别由黄金、白银、青铜打造，专门用于奖励那些在开拓海外事业中立有大功的私人海商。
  委任状三年有效，年限满后由大明贸易总公司海外经营事业司审查，根据其经营状况及利润所得情况决定是否延长其有效期，达到要求者，则其委任状有效期延长三年，否则予以取缔。有效期内，如果发生损害大明帝国利益之事，则予以取缔。
  于是，在帝国高效的行政体系运作下，第一张委任状出炉了，编号为：大明帝国海外经营委任状神威元年第001号，所有人：霍希睨（按本人手印），贸易路线福建至台湾、琉球、日本、占城、暹罗及南洋诸地，委任时间大明帝国神威元年十一月一日，有效期三年。
  霍希睨的商队开始规模为载重二百吨福船三艘、载重一百五十吨福船四艘，船员共计三百六十六人，从器械研制所购买可发射三斤重炮弹的铁炮六门、可发射半斤重炮弹的轻型青铜铸造回旋炮十四门、火绳枪三十支、弓十张、长矛五十根、长刀三十把、短刀匕首一百把、火药、炮弹、枪弹、箭矢若干。
  海澄码头，这日风和日丽，大明帝国神威皇帝朱钰亲自将这张委任状交予霍希睨，并替他缴纳了一千两的首次申请委任费，以示鼓励。霍希睨感激涕零，恭敬地跪下，双手接过委任状，朱钰拍了拍霍希睨的肩膀，勉励道：“既然你有这份决心，定能成为我大明帝国海商中的翘楚，朕看好你。”
  霍希睨俯首再拜，高呼：“吾皇万岁、万万岁，小民今后率众劈波斩浪，兴贸易于大洋，扬我大明国威、富我大明百姓，绝不辜负皇上一片苦心！”
  海军的十艘战舰在港口鸣炮行礼后，护送着这支大明帝国第一支委任的海商贸易船队缓缓驶出海澄港，它满载了白砂糖、丝绸、锦缎、瓷器还有茶叶，以及大明帝国内阁礼部的联络信，航向占城王国。上千名官员、百姓围在码头，目睹了这一盛况，借着强劲的东北信风，船队满帆出航，不出意外的话，大概经过九个日夜的航行，船队将到达占城王国的港口。
  一日后，霍希睨的船队到达铜山，再航行两日后的傍晚，夜幕刚刚落下，一艘货船从船队中脱离，并转变航向，向西北方向驶去，令人奇怪的是，这艘船上的水手们头上都留着金钱鼠尾。
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