拿下福建省会福州城，意味着明军在福建，不仅战术上取得了伟大胜利，战略上更是由被动挨打变成了主动进攻。至此，八闽大地，清军再无强大的作战力量，尚未收复的府州仅仅只剩下些许城防武装及关隘守兵。
  朱钰谕令对于明军每名参战士兵赏银十两，未参战士兵赏银五两。又令联合作战司令部统计各部队军功，按照军功、职务分别加官进爵，另外，所有参战立功士兵所有田产赋税免缴一年。
  定文官系统职务月俸禄，内阁首相五百两，副首相、监察院院长、司法院院长四百两，部长、监察院副院长、司法院副院长、高官三百两，副部长、高官、监察厅厅长、司法厅厅长二百两，司长、厅长、市长、监察厅副厅长、司法厅副厅长一百五十两，副厅长、副市长、监察局局长、司法局局长一百三十两，处长、局长、县长、监察局副局长、司法局副局长一百一十两，副局长、副县长、监察科科长、司法科科长一百两，科长、监察科副科长、司法科副科长七十两，副科长、监察所所长、司法所所长五十两，里长、监察所副所长、司法所副所长三十两，副里长十两，其他无职务者三两。
  定文官系统品级月俸禄，（内阁首相）正一品五百两，（副首相、监察院院长、司法院院长）从一品三百两，部长、监察院副院长、司法院副院长、高官正二品二百两，副部长、高官、监察厅厅长、司法厅厅长从二品一百两，司长、厅长、市长、监察厅副厅长、司法厅副厅长正三品八十两，副厅长、副市长、监察局局长、司法局局长从三品七十两，处长、局长、县长、监察局副局长、司法局副局长正四品六十两，副局长、副县长、监察科科长、司法科科长从四品五十两，科长、监察科副科长、司法科副科长正五品三十两，副科长、监察所所长、司法所所长从五品十五两，里长、监察所副所长、司法所副所长正六品十两，副里长从六品七两，其他无职务者按照工作年限十五年及以上者正七品三两、五年及以上者从七品二两、五年以下者无品级一两。
  定武官系统职务月俸禄，联合作战司令部总司令五百两，联合作战司令部副总司令兼陆、海军司令四百两，陆、海军副司令三百两，军长、舰队司令、锦衣卫指挥使二百两，副军长、舰队副司令、锦衣卫指挥同知一百两，副军长、师长、分舰队司令、锦衣卫指挥佥事七十两，副师长、分舰队副司令、主力战舰舰长、锦衣卫千户五十两，团长、主力战舰副舰长、锦衣卫副千户三十两，副团长、中型战舰舰长、锦衣卫百户二十两，营长、中型战舰副舰长、锦衣卫试百户十两，副营长、连长、小型、辅助战舰舰长十两、锦衣卫总旗，副连长、排长、小型、辅助战舰副舰长、锦衣卫小旗七两，班长、锦衣卫卫兵三两，副班长二两，士兵一两。
  定武官系统军衔月俸禄，（联合作战司令部总司令）大将五百两，（联合作战司令部副总司令兼陆、海军司令）上将三百两、（陆、海军副司令）中将二百两、（军长、舰队司令、锦衣卫指挥使）少将一百两、（副军长、舰队副司令、锦衣卫指挥同知）准将八十两、（师长、分舰队司令、锦衣卫指挥佥事）大校七十两、（副师长、分舰队副司令、主力战舰舰长、锦衣卫千户）上校六十两，（团长、主力战舰副舰长、锦衣卫副千户）中校五十两、（副团长、中型战舰舰长、锦衣卫百户）少校三十两、（营长、中型战舰副舰长、锦衣卫试百户）上尉十五两、（副营长、连长、小型、辅助战舰舰长、锦衣卫总旗）中尉十两、（副连长、排长、小型、辅助战舰副舰长、锦衣卫小旗）少尉七两、（班长、锦衣卫卫兵）一等兵三两、（副班长）二等兵二两、三等兵一两。
  定爵位年俸禄，王爵年俸一万两，一等公年俸六千两，二、三等递减一千两。一等侯年俸三千两，二、三等递减五百两。一等伯年俸一千五百两，二、三等递减二百两。一等子年俸一千两，二、三等递减一百两。一等男年俸五百两，二、三等递减一百两。
  封内阁首相陈永华、联合作战司令部总司令上将周全斌为三等公，赏银五千两，内阁副首相黄廷、洪旭、联合作战司令部副总司令中将张进、施琅、监察院院长杨英、司法院院长柯平为三等侯，赏银三千两，余下参与作战的各军军长、舰队司令为三等伯，赏银一千两，工政部部长李山供应军器立有大功，为二等伯，赏银两千两，户政部部长郑泰供应粮草、军饷有功，为二等伯，赏银两千两，其余各部部长，高官，大明贸易总公司何斌为一等子，赏银五百两，台湾垦殖局局长黄安、为三等子，赏银三百两。已封伯的张煌言赏银三千两，台湾土番部落首领萨噜塞嗼为正三品，赏银一千两，追封颜思齐为一等伯，其爵位由其孙女颜秀儿继承，为一等侯。
  对于北斗情报组织，要予以重赏。从组建北斗以来，不管是传播朱钰乃建文帝后裔的消息，还是潜入清廷控制区刺探情报和军情，北斗做的非常好。令北斗情报组织人员参照文武官系统定俸禄，另封李佑生为二等伯，赏银两千两，下属七组凡立功人员皆封官加爵。
  锦衣卫指挥使赵来福为二等伯，赏银两千两，指挥同知陈绳武为三等伯，赏银一千两。
  对于子爵以下，军、部、省级以下军队、行政、司法、监察体系分别统计军功、政绩，由各自系统分别封赏进爵，对清军投诚官兵分别论功行赏，所有名单最终交皇帝朱钰批准。由监察系统对此事进行监督，对于冒领者重惩不贷，对于上级瞒报、欺压下级者，交司法处理。
  同时，令吏政部对于文官系统保障后方、供应粮草立功者，着力嘉奖。所有战争所获银两、财物由军队交于户政部入账保管，所有军饷、赏赐由户政部发放，进出帐由监察院负责监察、审计。
  对于军队中战时脱逃、畏敌不进者共计一百三十七人，阵斩一百二十二人，其余十五人着监察院、司法院按军法处斩，其家产所有田地、财产罚没一半充公。
  此次远征先是梅花城投降，接着攻占了闽安城，最后是福州城。清军投诚官兵共计六千余人，俘虏两千余人。对于投诚官兵，自愿归乡务农者两千余人，老弱不适合继续当兵者七百余人，每人给银三两，以资民生。余下三千士兵打散编入第三军和第一舰队，以补充战损。
  对于原清廷福建巡抚许世昌，封为福建招抚使、正三品，享受厅、市级职务待遇，由第三军派出一个团的士兵供其调遣，负责福建未平府、州、县的招降。
  清军被俘虏二千余人全部发往台湾为奴隶，隶属台湾垦殖局，在新开垦的农场劳作。
  废除靖南王府名下奴隶、奴仆、杂役依附关系，恢复其身份为平民，没收靖南王府名下所有农庄、田产，分给当地无田之农户。对于所获耿氏父子四人所有妻妾上百人分赏给有功大臣，其中耿精忠的妻子是皇太极长子和硕肃亲王豪格的女儿，耿昭忠的妻子是清宗室贝子苏布图的女儿，耿聚忠的妻子是努尔哈赤的孙子安亲王岳乐的女儿，也是顺治的养女和硕柔嘉公主，她刚满十二岁，刚从北京到福州，尚未完婚就被俘虏了。于是这些女人都被瓜分了，耿精忠的妻子赏给了第一舰队司令洪升，耿昭忠的妻子赏给了第三军军长陈佳龙，和硕柔嘉公主因为年纪太小，刚年满十三岁，则带回宫中交给皇后养育。其余妻妾则赏给了有功官兵。
  任命第一舰队驻地改为梅花千户所，重新扩建城池、码头，增设火炮，将其打造成闽北海防要塞，从海上威胁清廷浙江水师。第四舰队回师厦门，整编改练新军。
  第三军驻扎在福州城修整，随时准备迎击附近其他府州派来的援军。
  且说，远征舰队在福州攻城略地之际，清军张杰、吴六奇见到了靖南王耿继茂派出的亲信士兵，仔细看过盖有穆里玛将军关防印信的调兵令后，急忙率军依次拔营退兵，留下三千名士兵断后，其余部队向着同安方向撤去。
  刘云峰在城墙上看到拔营退去的清军，又接到联合作战司令部的命令，明白清军中了调虎离山之计。为了避免清军的突然折返，以及等待第六军在海澄月港登陆，共同攻打漳州城，命令师长顾卫国率领两千名精锐骑兵，尾随清军，沿途骚扰之。这两千名骑兵是以前郑军中从北方逃来的原明军骑兵组成，淘汰其老弱，所剩全是善于骑射之人。
  顾卫国亲率两千骑兵出城，尾随清军队伍后面，伺机攻击断后的清军士兵。明军骑兵三十人为一小队，派出二十个小队从两翼骚扰清军，其余大队由顾卫国带领，清军只要派出高于五百人的反击部队，明军仗着速度优势避开锋芒，绕过去继续骚扰。清军派出人数少于五百人的追击部队，明军就利用骑兵的高机动性，将其分割包围，逐个击破。
  这一路上，清军不堪其扰，后卫的三千名清军士兵被骚扰射杀、分割包围歼灭者达到了六百人之多，并逐渐拉开了与主力清军的距离，之间相距从十里地扩大到三十里之远，为避免这支清军被明军吃掉，吴六奇不得不派出两千名士兵接应，前方不足二万三千名清军士兵快速向同安城进发。
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