乾隆年间。清政府陆续颁布《西藏善后章程》和《藏内善后章程二十九条》，确定了驻藏大臣与达赖喇嘛共同处理政务的平等地位，巩固了中央政府对西藏的统治。清政府在西藏改革乌拉、租赋、钱法、贸易制度；活跃民族贸易；创报、兴学、发展农牧工矿业和加强交通、邮电事业的开发等。
  清朝还设置了清朝还设置了金瓶掣签制度。加强了中央政府对达赖、班禅转世的监督和任授权力。此乃清王朝改革西藏行政管理体制，确立系统治藏法规中的一项重要内容。这一制度一直延续至今。而这金瓶掣签制度是指金瓶掣签（藏文：གསེར་བུམ་སྐྲུག་པ，威利：gserbumskrugpa），又称为金瓶鉴别，是藏族认定藏传佛教最高等的大活佛转世灵童的方式，是清王朝乾隆五十七年（1792年）正式设立的制度。自清朝以来，藏传佛教活佛达赖和班禅转世灵童需在中央代表监督下，经金瓶掣签认定。历史上，第十世、十一世、十二世达赖喇嘛和第八世、九世、十一世班禅额尔德尼以及第五世、六世、七世、八世哲布尊丹巴呼图克图经由该仪式产生。
  按历史定制，藏传佛教大活佛的转世灵童须经金瓶掣签认定，唯独噶玛噶举派的活佛噶玛巴例外，其转世灵童主要是由上一世噶玛巴的遗嘱来认定，但必须经过中央政府的批准。
  自清王朝至今的200多年间，仅西藏一地，就有格鲁、噶举、宁玛三派的39个活佛转世系统70余名活佛通过金瓶掣签认定。
  汉族政策
  剃发易服
  满族在关外已然推行“剃发易服”政策。对被征服的汉人一律强令改变发式、更换服装，投降的明朝将士也必须剃发易服，作为臣服的标志。
  中国人自古以来就非常重视衣冠服饰。《孝经》有言：“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也。”汉人成年之后就不可剃发，男女都把头发绾成发髻盘在头顶。
  清兵入关时曾颁发“剃发令”，因引起汉人的不满和反抗，于是公开废除此令。1645年清兵进军江南后摄政王多尔衮提出重新颁发“剃发令”。于是规定清军所到之处，无论官民，限十日内尽行剃头，削发垂辫，不从者斩。其执行口号是：“留头不留发，留发不留头”。此起彼伏的斗争历经几十年，最终结果是满族统治者取得胜利，汉族大部分生者都剃发结辫，改穿满族衣冠；坚持不愿改换衣冠者要么被杀，要么逃到海外，要么遁入空门，带发修行。针对当时各地汉人的抗争此起彼伏的情况，当时的陈名夏曾说过：“留发复衣冠，天下即太平”。然而不久他就因为说了这句话而被满门抄斩。
  任用汉官
  清朝为夺取和巩固对全中国的统治，除起用范文程等人外，在入关过程中先后招降了前明汉族重臣还有洪承畴，将领吴三桂、李成栋、尚可喜、耿仲明及其统领的汉族军队。后因其叛乱而由康熙剪除其中三个主要的藩王，被称为平三藩。带兵收复台湾的施琅也是汉族前明军官。