永和九年（公元353年），晋朝宁朔将军荣胡以彭城、鲁郡向慕容儁投降。常山人李犊聚集起数千人，在普壁垒谋反，慕容儁派慕容恪率领士众讨伐他们并使他们投降。
  当初，冉闵失败后，王午自封为安国王。王午死后，吕护又沿袭了他的封号，在鲁口驻守自保。慕容恪进军讨伐并赶跑了他，派前军悦绾在野王追上吕护，他的部众全部投降。
  永和十年（公元354年），后秦姚襄带着梁国向慕容儁投降。任慕容评为都督秦、雍、益、梁、江、扬、荆、徐、兖、豫十州河南诸军事，暂时镇守洛水；慕容彊任前锋都督、都督荆、徐二州缘淮诸军事，进据黄河以南。
  慕容儁自和龙抵达蓟城，幽冀二州的百姓以为他将东迁，互相惊慌扰乱，在他们的所在地集结。部下请求讨伐他们，慕容儁说：“他们认为朕去东部巡枧，所以产生疑惑。现在朕既已至此，不久他们会自行安定。然而，应作好发生意外的准备。”于是，命令内外戒严。
  永和十一年（公元355年），前秦苻生部下河内太守王会、黎阳太守韩高以所辖郡归附慕容儁。东晋兰陵太守孙黑、济北太守高柱、建兴太守高瓮各以所辖郡归附慕容儁。当初，慕容儁的车骑大将军、范阳公刘宁屯兵莸城，向前秦投降。到了此时，率领两千户人到蓟城归附谢罪，慕容儁以为后将军。高句丽国王高钊派遣使者来谢恩，贡献地方特产。慕容儁任高钊为都督营州诸军事、征东大将军、营州刺史，封乐浪公、高句丽王，同以前一样。
  且鲜卑段部的段兰的儿子段龛趁冉闵之乱，集聚众人到东部屯兵广固，自称齐王，对东晋称藩，送文书呈上宫廷内外的礼仪，指责慕容儁非正统。慕容儁派基容恪、慕容尘讨伐他。慕容恪渡过了黄河。段龛的弟弟段罴骁勇而有智谋，他对段龛说：“慕容恪善于用兵，加上他的士众人多气盛，恐怕不可抵抗。如若他们在城下聚兵围困，尽管我们再请求投降，恐怕他们终究不会同意。王只需固守，我请求率领精锐的队伍去抵御他们。如果此战告捷，王可以驰马追击而来，使他们连一匹马都回不去。如果这一战打败了，马上出城请求投降，也不失千户侯的身份。”段龛不听从。段罴执意要求出兵，段龛一怒之下斩杀了他，率领三万士众来抵御慕容恪。慕容恪与段龛在济水南遭遇，与之相战，把他们打得惨败，斩了段龛之弟段钦，俘虏了全部士众。慕容恪进兵包围广固，诸位将领劝他应该迅速攻城，慕容恪说：“作战之势有时应以等待来制服敌人，有时应迅速战胜他们。如果对方和我方势均力敌，而且他们有强大的后援，考虑到腹背受敌的困难形势，我们必须急速进攻，迅速得到大的战果。如果我强敌弱，又没有外来敌人的增援，我们的力量足以制胜的话，应当防守控制他们，等待他们自己困乏。兵法上有十围五攻的说法，说的就是这个意思。段龛靠小恩惠集结起党羽，众人并没有离散之心，济南一战，并非他们兵力不精锐，只是用兵之术有误，而导致失败。现在固守天险，上下同心，攻守都会力量倍增，这是军事常用之法。如果我们急速进攻，不过几十天，必定可以攻克，但恐怕会对我们的士兵造成死伤。自从发生战事以来，士卒不得安宁，想到这些，我常常无法安睡，为什么如此轻视人的生命呢！我们应当用持久之法来取得胜利。”诸将都说：“这是我们所不曾考虑到的。”于是筑造房屋屯田耕种，严密地加固包围的壁垒。段龛所任命的徐州刺史王腾、索头单于薛云向慕容恪投降。段龛被围困，派使者到建邺去请求救援。晋穆帝派遣北中郎将荀羡赶赴那里，荀羡害怕敌虏势力强大徘徊不敢前进。攻克阳都，斩了王腾后返回。慕容恪于是攻克了广固，授段龛为伏顺将军，把鲜卑胡羯三千余户迁到蓟，留下慕容尘镇守广固，慕容恪整队班师。
  永和十二年（公元356年），慕容儁的太子慕容晔去世，谧号献怀太子。
  升平元年（公元357年）二月，又立次子慕容暐为皇太子，在境内实行大赦，改元光寿。
  四月，慕容儁派遣抚军将军慕容垂、中军将军慕容虔与护军将军平熙等人，率领八万步卒骑兵到塞北地区讨伐丁零敕勒部，大败敌方，斩杀俘获共十余万人，缴获十三万匹马，牛羊不计其数。
  及后，匈奴单于贺赖头率领三万五千名同部落士卒向慕容儁投降，慕容儁以为宁西将军、云中郡公，安置在代郡平舒城。
  升平二年（公元358年）十月，东晋太山太守诸葛攸讨伐东郡。慕容儁派慕容恪抵御迎战，大败晋军。东晋北中郎将谢万原先据守梁州和宋州，因害怕而跑回。慕容恪进犯黄河以南地区，汝、颍、谯、沛全都攻克，设置了地方长官而返回。
  时廷尉监常炜进言说：“大燕虽然改换朝代创建制度，至于朝廷考核选拔人才的办法，也大多因循魏晋的做法，惟有不能为祖父和父亲殓尸下葬的人，才不允许在清明的朝廷跻身为官，这是王道教化的首要原则，是不可删改的制度。然而礼仪贵在适应时势，每一朝代都有增有减，因此汉高祖率兵入咸阳时约法三章，而秦人安定。自近来中原遭到战乱，连年打仗，有时遭遇城池沦陷，全军覆灭的灾祸，军队士卒被坑埋水淹的事，常常发生。家中仅剩下孤苦伶仃的儿孙，十家中有九家如此。加之三方对峙如山头耸立，父子处在不同的邦域，存亡吉凶的音讯，杳然如隔天外。有的从简操办，有的依照季札于异乡蠃博之间葬子的做法，孝子粉身碎骨也无补益，贤孙肝肠寸断也挽救不及，虽然可以用招魂以形式上的安葬来表达无尽的哀思，但礼法上没有招魂安葬的条文，法令上不登载这一类规定。如遇到这种情况，负有琳琅般的才华而无处施展，怀着杰出的才智却不能列于官位，这实在值得痛惜。恐怕不合乎明察荐举出身微陋之人，务求充分利用当代贤才的用人之道。吴起、二陈之类的人才，终将没有机会施展才干。汉高祖为什么能解脱平城之围？郅支的首级怎样悬挂到了汉关？我恭谨地认为《戊辰诏书》，荡涤了瑕疵污秽，天下更新，以昭明共创新业的吉庆之情。五、六年间，转而互相抵触，对于以天为法，我暗中认为不甚安妥。”慕容儁说：“常炜是德高望重的大儒，精通刑法，观察他所陈述的看法，非常值得采纳。现在天下尚未安宁，丧乱还未平息，又正值搜寻提拔非凡人才的时候，不可能才能和品行兼备，暂且除去这一条规定，到天下统一后再重新商议。”
  后冉闵僭称王号时，石虎部将李历、张平、高昌等都带领所辖的队伍向慕容儁自称藩属，派遣各自的儿子入慕容儁处侍奉，甚至向建邺投诚，与苻坚结交为奥援，都接受了爵位，控制局势固守。虽然向慕容儁进贡的使者来往不绝，但并未极尽忠诚之礼。吕护逃到野王，派弟弟手捧奏表向慕容儁谢罪，拜为宁南将军、河内太守。另外，上党冯鸯自领太守，依附于张平，张平多次为他说话，慕容儁因为张平的缘故，赦免了冯鸯的罪过，以为京兆太守。吕护和冯鸯暗中与东晋的军队有联系。张平跨踞新兴、雁门、西河、太原、上党、上郡之地，有三百余处防守工事，十余万户胡人和晋人，又授官设置征东、镇西等将军的称号，形成鼎立对峙的局面。慕容儁派司徒慕容评讨伐张平，领军将军慕舆根讨伐冯鸯，司空阳骛讨伐高昌，抚军将军慕容臧攻打李历。并州投降的防御堡垒有一百余处，任命尚书右仆射悦绾为安西将军、兼护匈奴中郎将、并州刺史来安抚他们。张平所任命的征西将军诸葛骧、镇北将军苏象、宁东将军乔庶、镇南将军石贤等人以防御堡垒中的一百三十八处投降了慕容儁，慕容儁非常高兴，让他们都恢复了官职和爵位。不久，张平带领三千士众逃到平阳，冯鸯逃到野王，李历逃到荥阳，高昌逃到邵陵，部众全部投降了慕容儁。
  升平三年（公元359年），慕容儁图谋再度侵犯东晋，并企图消灭前秦，就下令各州郡清点检查现有的兵丁，检查核实户口，一律各家各户仅留一成年人，其他全部征发入伍，想使步卒达到一百五十万，希望第二年会合全部兵力，准备进军洛阳，能指挥调度三方力量。武邑人刘贵上书极力劝谏，陈说百姓生活困乏，征兵不合乎法律，恐怕百姓不堪承受，发生土崩瓦解的大祸，并且陈述当时不适合时势的政治事务十三件。慕容俊读完谏书同意刘岂的意见，交付公卿广泛商议。刘贵所言之事多数采用，于是改为五丁抽三制，放宽一周的战备时间，命令他们在第二年冬末全部赶赴邺都集结。
  不久，慕容儁病重，对弟弟慕容恪说：“我体虚弱，恐怕不行了。人生的长短，是命中注定的，还有什么遣憾呢！只是两方敌寇还未消灭，慕容暐年龄幼小，恐怕无力承受过多的苦难。我想远追宋宣公的后尘，把国家交给你。”慕容恪说：“太子虽然年幼，但天性聪慧，必定能遏制凶残的敌人，使天下安定刑法措置不用，不能乱了正统。”慕容儁生气地说：“兄弟之间哪里用得着说客气话！”慕容恪说：“陛下如果认为我能够承担天下重任，我怎能不辅佐少主呢！”慕容儁说：“如果你如周公那样辅政，我还忧虑什么呢！李绩清廉方正忠诚坦荡，能够胜任大事，你要善待他。”
  升平四年（公元360年）正月二十日，慕容儁在邺城对军队进行大检阅，想让大司马慕容恪、司空阳鹜统领军队进犯东晋。恰好这时病情加重，立即召来慕容恪、司空阳鹜、司徒慕容评、领军将军慕舆根等人，接受遗诏辅佐朝政。正月二十一日，慕容儁去世，时年四十二岁，共在位十一年，谥号景昭皇帝，庙号烈祖，葬于龙陵。皇太子慕容暐即位，年仅十一岁。二月，尊皇后可足浑氏为皇太后，以慕容恪太宰、录尚书事，行周公事，总摄朝政。
  不过，当时作为太师辅政的慕舆根自恃战功显赫，高傲自大，看不起慕容恪。慕舆根为挑起事端以作乱，先以可足浑太后干政来挑拨慕容恪，谎称支持慕容恪夺位。但慕容恪不受。吴王慕容垂以及皇甫真及后都劝他诛杀慕舆根，但慕容恪以皇帝新死，国家安稳为首要，决定忍耐。慕舆根挑拨慕容恪不成，于是试图离间慕容暐母子，想要太后诛杀慕容恪等。新帝慕容暐支持慕容恪，劝止了母亲。与此同时，前燕已经在灭冉魏后迁都邺城，以旧都龙城为留京。慕舆根思恋辽东祖地，力劝太后和慕容暐建议还都龙城，变相放弃中原地区。慕容恪知道后，联合慕容评密奏慕舆根罪状，派卫将军傅颜诛杀了慕舆根及其党羽。
  面对皇帝新死，就发生诛杀辅政重臣的事件，国内忧虑情绪很高。慕容恪举止如常，出入都只有一人跟从，不肯加添守卫。然后大赦天下，并停发慕容儁生前所集各路兵员，受任理政，兢兢严谨，与司徒慕容评共同协作，虚心待士，谘诹善道，量才授任，燕政为之一新。于是，境内局势渐稳，人心稍为安定。同时，原先征集在邺城的各郡军人都因为国家内部纷乱而经常逃跑，而邺城向南方领地的道路通讯不畅通。慕容恪命令慕容垂南镇蠡台，傅颜率军南巡淮河，终令国家安稳下来。