荷兰在马六甲海峡与明军交战大败，消息传到巴达维亚，顿时引起一片混乱，这里还有数千荷兰人的移民，在主力已经被消灭地情况下。所有荷兰人都悲观起来，在明军还没有到来之前，许多人已开始乘商船逃走。
  只是如果没有舰队护送，单独出海返回欧洲几乎是不可能的事。数万里之遥，不知路上会有多少海盗在等待。就是侥幸返回欧洲。等待他们的不是绞刑就是重新投入监狱，这些人大部分是犯了罪被遣送到东方来替国家赚钱赎罪的。
  他们只能往其他荷兰东印度公司分部逃。安汶、新几内亚都是不错的选择，不过，巴达维亚只动荡了数天，这种潜逃的风波被制止。驻军开始了对巴达维亚戒严，并征集了所有城中的清壮年男子，准备对巴达维亚死守。
  总督浦脱带着主力一去不回，巴达维亚留守最高指挥官荷兰中校朗必即里哥暂时接管了巴达维亚的所有权力，并说服那些想逃走或者想投降地荷兰人同意死守城池，其他人不同意也不成，朗必即里哥手里掌握了所有的军权。
  朗必即里哥从来没有想过逃跑或投降，除了他作为军人地荣誉外，还因为他怕投降也得不到生命保障，他手上曾沾满了汉人地鲜血。
  巴达维亚的前任总督库恩为了垄断东西方的贸易，他把大明也当成了东南亚的土著，多次向明朝发出照会，要求明朝给荷兰人独一的贸易权。得到拒绝后，由朗必即里哥率大型战舰九艘骚扰中国沿海，被明军击退却并不甘心失败，到处袭击中国平民和民用船只。在很短的时间里，就抢劫了600条中国船只，劫掠了1500多名壮丁为奴隶，杀害的沿海民众更不计其数。
  这些奴隶有的抓到印尼去筑城，有地送到了巴达维亚做苦力，运到巴达维亚将近三百人，最终活着到达的人只有一百二十多人。现在数年过去了，当初从中国沿海运来的奴隶只剩四十多人。
  在大明与后金大战焦灼之时，库恩还建议出兵征服大明帝国，不过，好在朗必即里哥等人没有发疯，不肯再听从他地命令对付大明帝国，并将大明帝国的实力直接反应到国内，荷兰国内连忙将库恩调回。并给库恩一个评价：“虽高瞻远瞩，然太过异想天开。”
  库恩过后，接替库恩的浦脱并没有放弃垄断东西方贸易的企图。才有这次攻占葡萄牙山城之举，如果拿下了葡萄牙山城，两条通道都掌握在荷兰人手里，那即使不能著断东西方贸易，至少也可以对每条船收取过路费。
  只是没想到大明的介入，却让这次进攻一败涂地。只是荷兰在巴达维亚经营了十几年，已建好了坚固的城池，又有一千名正规军。在欧洲这样的这个力量已经是很大了，这也是朗必即里哥有信心坚守地原因，何况他不相信浦脱率领的庞大舰队会金军覆灭。或许只是暂时退却，等不了多久会重新杀回来。
  马守应率领舰队先在巨港停泊了一夜后。就开始了对巴达维亚的进攻，马守应从荷兰人手上缴获的战舰暂时留在狮城。他手上还有八十余艘战舰，官兵二万三千多人，对付巴达维亚只有一千人的正规军，可以说是杀鸡用牛刀了，加上刚刚战胜荷兰人的主力不久。多少有一点大意。并没有将巴达维亚坚固的城池放在眼里，一上来就用舰队发起猛攻，企图快速将巴达维亚拿下。
  巴达维亚有着坚固的工事，本身有大量的火炮，朗必即里哥又将巴达维亚还留有地十余艘战舰上的火炮全部拆了下来，甚至连巴达维亚号也不放过，得到了一百五十余门海军火炮。安放在巴达维亚城墙上。
  明军一开始进攻就吃了一个大亏，城墙上的炮火扑天盖地的打了下来，明军虽然火炮比巴达维亚多，但只能在海上仰射，而对方居高临下，又有城墙的优势，炮弹象雨点般落到了明军的舰队中，数轮炮击之后。就有二艘小舰连中十余弹被炸沉，连甲板上装地铁甲都被击穿。
  马守卫感觉到不对劲，急令退兵，查点了一下，竟然损失了二百多名士兵，差点比得上马六甲海战的损失了，轮船只还多沉了一艘，好在那只是两艘不过十门火炮，数十人的小船。船员也有一半被救了回来。
  明军对巴达维亚的进攻其实也就象是荷兰人对马六甲的进攻，双方的力量都相差悬殊，不过一方拥有坚城，荷兰人攻马六甲花了二个多月都没有拿下来，明军又怎么可能一来就攻克。
  首战胜利，城中的荷兰人都欢呼起来，朗必即里哥却毫无兴奋之色，他知道接下来才是真正艰苦的时候。
  马守应看到城中地火力后，放弃了速战速决的打算，老老实实地在爪哇岛登陆，将巴达维亚与外界的联系切断，作长期围困的打算。
  朗必即里哥明知如此也无可奈何，巴达维亚只占爪哇岛一小部分，他没有兵力不让明军登陆，如今他只能坚守等待援军到来才有可能解围，只是荷兰人还会有援军吗？
  马守应每天派出数艘战列舰与城中对射。消耗对方的弹药。反正明军有强大的补给能力，只要城中的弹药消耗完，再攻占巴达维亚就容易了。面对明军的炮击，城中也不得不回应，如果让明军炮击下去，再坚固的城墙也会倒塌，双方你来我往，每天巴达维亚都是炮声隆隆。
  巴达维亚战事一起，马六甲海峡就重新繁忙起来，明军开始在狮城设卡。发放船引，所有由马六甲海峡经过的船只都需要大明户部所颁发的船引才能出入，船引的取得必需根据所运货物的价值交纳一定的税银。
  今葡萄牙人憎恨的是由于马六甲是中，葡共管，大明宣布马六甲将设为自由港，不再重复收取费用，对于这些商船来讲，以前马六甲在葡萄牙人手里时，照样要交纳银子。拿到船引才可以出入马六甲海峡，现在只是交纳的地方由马六甲换到狮城而已，并无什么大碍，葡萄牙人却是损失掺重，船引的收入对马六甲来说是一笔很大的数目。如今说没就没了，除了有一点贸易的便利，马六甲对葡萄牙人已失去了价值。
  而所有商船换在狮城停泊后，狮城以看得见的速度繁华起来，从这里收取的船引税金足够对巴达维亚的长期围困还绰绰有余。
  明军对巴达维亚的围攻引起了西班牙的主意，西班牙是老牌的殖民强国，曾著断了东西方的海上贸易，葡萄牙、荷兰都是他的属国，如今荷兰虽然宣布独立，西班牙却并没有承认。
  当然，双方是敌对的，荷兰人紧跟在英国人身后，多次抢劫过西班牙的商船，还在亚洲四处抢夺原本属于西班牙的殖民地。为此西班牙也不甘示弱，西班牙马尼拉（吕宋岛）总督去年派出了数百名士兵在印尼登陆。并在上面筑城，想与荷兰争夺印尼。
  只是马拉尼的商船照样要从巴达维亚或者马六甲海峙经过返回欧洲。以前马六甲海峙在葡萄牙人手中还好，葡萄牙还是西班牙人的属国，如今这个属国突然之间改换门庭已是让西班牙不舒服，若是巴达维亚再落到大明手中，大明随时可以切断马拉尼殖民地与本土的联系。等于命脉捏在了别人手里。
  何况西班牙和大明不见得友好，在万历年间，马拉尼的西班牙人数次发起了对当地华人的屠杀。死在西班牙手上的华人和大明商人至少有数千人，虽然如今过去了数十年。焉知大明会不会找机会报仇。
  拉脱维亚的西班牙总督府内，所有的西班牙高官都集中在一起，商讨大明对巴达维亚荷兰人的战争。
  总督府的氛围有点凝重，总督列加斯比满面愁容，敲打着桌子：”说说吧，坤士们，大明就要将我们圈禁他们的怀抱了，该如何应对，这关系到我们究竟还能不能再在马尼拉呆下去。”
  西班牙的海军中校穆迪奥站了起来：“总督阁下，我们不能任凭大明攻下巴达维亚，请允许我带领舰队去巴达维亚增援。”
  桑切斯吹了一个口哨：“勇敢的中校，我不得不告诉你，传来的情报显示大明的战舰有一百余艘，他们高达数万名士兵，而且刚刚打败了荷兰人，而马尼拉只有四千士兵。战舰不过三十余艘。”
  桑切斯是马拉尼圣萨巴斯第安教堂的主教，葡萄牙人麦哲伦以简陋的航海仪器由西班牙航行到中南美洲途中。发现了菲律宾中部的一个小岛：宿务，麦哲伦在宿务的停留期间，将天主教的教义传播至宿务，并进而影响到菲律宾其他各地，如今菲律宾基本上所有人都信了天主教。桑切斯在马拉尼代表着教权，可以说地位仅次于总督。
  穆迪奥对于桑切斯的话虽然不满，但也不敢表露出来，只得反驳道：“那么我的主教大人，你认为该怎么办？”
  桑切斯的神色有点疯狂：“很简单，保垒都是从内部攻破的，只要我们清除了内部的隐患，马拉尼就会牢不可破，大明攻占了巴达维亚又怎样。大不了我们再绕点路，我们既然可以从美洲把白银运过来。也就可以从这里把白银运回国内。”
  穆迪奥有点摸不着头脑：“隐患。什么隐患。主教大人。我不明白你说什么？”
  穆迪奥的部下阿吉雷若有所思：“主教大人说的可是马尼拉的华人？”
  “不错，这些人就是马尼拉不安定的因素，他们不敬上帝，沾污了上帝的名益，贪婪的追逐财富，给马尼拉只会带来脏乱及危险，我们应当及时地处理掉他们。”
  桑切斯对传播宗教有病态的狂热，他一到马尼拉，就规定马尼拉不准有异教徒，马尼拉的华人并不是不愿加入天主教。相反，在西班牙人的命令下，每一个人都加入天主教，但华人对宗教的态度可以说有点漠视，他们加入天主教，同样信佛教，信道教，信所有的神仙。对于上帝也只是认为是众多神仙中一员，这让桑切斯严重不满，认为他们不配做上帝的子民，应该彻底消灭。
  桑切斯的话，让穆迪奥大为震惊：“天，他们可是有数万人。”
  桑切斯满不在乎地道：“那又怎样，华人最喜内斗，数十年前我们只有二千人就可以杀了他们数万人，现在有四千军队，杀他们数万人又有何难。”
  穆迪奥虽然不在乎数万华人的生命，但还是有顾虑：“主教大人，若我们再次在马拉尼掀起大屠杀，如果大明派遣大军来攻，又如何是好？”
  桑切斯冷笑道：“他们来攻，就把他们打回去，不过，没有内应，我怀疑他们是否敢来进攻？三十年前我们对华人的大屠杀还不是什么事都没有，如果当时不是清除了华人，说不定马尼拉早就不在西班牙手中。”
  发生在1603年的次华人大屠杀，起因是万历皇帝听信了一个商人的胡说八道，说马拉尼长有一种可以产金银的树，这种树每年都会自动长出金豆，银豆，西班牙人都是直接用从树上采摘的金银和大明贸易。
  对于这样荒诞不经的说法，一心追求长生，信仰各种神仙的万历皇帝却深信不疑，他不顾大臣地反对，派出几名官员到马尼拉查找金银树，马尼拉西班牙当局误以为明朝即将渡海来攻，访查金银之事只是藉口，目的是与马尼拉的华人联络，以便里应外合将西班牙人赶走。因此，当明朝官员离开不久，西班牙人便开始杀戳华人，将岛上二万多华人全部杀绝。
  事后万历虽然震怒，想发兵攻打马尼拉。但被大臣劝阻，最后只是派人向西班牙人宣读了一封问罪信，此事就不了了之，西班牙人至今还相信那场大屠杀阻止了大明派兵攻打马尼拉的企图。