乾清宫的藏书阁已经建成，全新的藏书数据库管理模式，司礼监的太监们已能应付；自崇祯登基以来的奏章，太监们从通政使司那里，全部誊抄了一遍，摘要编号整理等细致工作，很是忙碌了大半个月，经崇祯朱批的折子数已上万。虽然它们只占了藏书阁面积的很小一部分，但太监们已经体会到了，这种全新的藏书管理模式带来的好处；只要皇帝吩咐，任何太监都能很快找来所有相关的奏折，而不是以前靠着一两个太监纯凭记忆，能找来那么几本而已。太监们根据崇祯的喜好，又两次调整了关键词的设定，两次重新编录检索目录，这才有了现在的效果；崇祯只需翻看检索目录，根据奏章摘要就可了解事情的大概，必要时再从那一个个个抽匣中翻找奏章的全抄本。
  崇祯放权于内阁后，想象中的轻松并未到来。先是决定进行大明朝廷的机构改革，为说明四位阁臣，可是用尽心机，然后就是接连的朝会辩论，还要抽时间考虑移民开发的问题，中间还又穿插个修订历法的事情。好在是，朝会里，有内阁大臣的支持；移民开发，有未来的农部尚书徐光启在筹划；修订历法，已经让他给打发到明年去了；崇祯这才能勉强支撑着。
  自从说服成功，获得内阁大臣们的支持后，崇祯就开始考虑未来机构重组的人选问题。在奏章的检索目录中，崇祯发现了“黄宗羲”的名字，这让他有些兴奋，这可是明末清初的著名思想家，中国自由民主思想萌芽的代表人物。
  崇祯为了朝廷人事方面的调整，查看了铲除阉党过程的奏章，以及因此带来的崇祯初期的人事变动，因此才发现了黄宗羲的这份上疏。疏中言道，还有大量阉党余孽尚未清除，这让崇祯的心里咯噔一下，看来阉党的政治清算还未完成。
  “斩草不除根，春风吹又生”，崇祯是很清楚的，政治上是要不得仁慈的。既然已经对阉党痛下狠手了，就不能半途而废；只是……，这个“度”应如何把握，崇祯就煞费思量了；就先交给内阁去办吧，由大臣们掌握就是了。
  崇祯暗自想到：嘿嘿，估计惩处阉党余孽的类似事情，由内阁来主导，这应是最后一次了，以后就该由“新督察院”来办了。崇祯与几位内阁大臣打交道多了，对于几位阁臣更为了解，再有新制度还未建立起来，还是先按旧有的规矩行事才好。
  几位阁臣倒也不负重望，两日后呈上份名单，上面列有四十余人；黄宗羲状告的许显纯、李实皆名列其中。
  “韩爱卿，这阉党余孽是否尽在其中了？”崇祯翻了几下，随口问道。
  但这句话听在韩爌耳中，却完全不一样，难道皇帝嫌所列人员太少？那时阉党势力正盛，除少数死心踏地者，余者不过是俱其淫威，趋炎附势而已，毕竟如东林六君子、七君子般忠烈耿直之辈还是少数。遂正声答道：“陛下，阉党余孽为祸甚烈者，皆具名其中，余者不过惧其淫威而附和之徒。如今陛下英明，其必已认清大势，改邪归正，陛下不必对此介怀。”
  “爱卿放心，朕不会牵连过广的。朕意不过是为变法扫清障碍，不受奸邪所扰。所列之余孽按律惩处就是，其资产如是贪没或仗势取得，皆予罚没。”崇祯见首辅担心扩大打击范围，忙解释一番。三国的曹操在官度胜袁绍后，烧掉了手下与袁绍间私通的信件，让首鼠两端者的安定了下来，此举大收人心。崇祯虽用不着特意地收买闪心，但朝廷的稳定局势还是要保证的；当然，崇祯也是看上这些余孽的财产了，想必其多是贪污受贿、仗势欺人所得，罚没充公，也能缓缓户部的财政危机。
  “陛下英明，臣等这就着刑部办理。”韩爌躬身答道。
  “韩爱卿，人嘛可以先抓起来，朕看这个案子是不是等法院成立后，再来审理，这正是法院立威的好机会。”
  “臣遵旨。”
  “爱卿，这朝争已有多日，话都说得够明白了，怎还是这许多人反对？”时间过去七八天的，朝会也开了三四次，可就争论不出个结果来，这让崇祯很懊恼。
  “陛下不必心急，近日臣等已争取到部分人的支持，再给以时日，定能如愿以偿！”韩爌宽慰崇祯道。
  “这么费劲，朕真想直接下召就是了。”崇祯确是有些气急败坏。
  “陛下，这万万不可，如遭封驳，再次下召就现难通过了。”韩爌急道。
  “唉……”崇祯叹道，真想裁掉那几个执迷不悟的大臣，只是无过而贬，反而更成全了这几人刚正的名声。崇祯已经感觉到了，在这一个多月的皇帝生涯中，明朝的大臣们很少是那种应声虫，很是坚持自己的观点，不为皇权所威吓。
  想想那些后世的清宫戏中，哪个皇帝不是言出不二，哪个大臣敢犯颜直谏，一个个的都是“奴才遵旨”；怎自己这个皇帝，说的话就没几个人听呢？先开始费费口舌，那是自己不太熟悉皇帝这个位子，可现在有段时间了，自己也有些适应发号施令了，可是却难得有几人能听。如果真贬掉几个不听话的，那不给弄成自己的一言堂，真同历史上的崇祯一样了，也撤换他几十位阁臣。
  崇祯暗自警惕着自己，作为皇帝一定要有容人之量，就算自己的政策再正确，也要尽量争取多数人的同意，这才能使得政策能更好的执行。
  “朕省得，爱卿言之有理，朕不会急于求成的。”崇祯按捺着急躁的心情。
  郑芝龙已经进京了，明日，崇祯将于文华殿内接见。
  崇祯忙于机构改革，已近十日，未取得任何进展，原本要在郑芝龙来后，确定几个新的通商开埠城市，成立相应的市舶司，可是这机构改革未定，让这后续的步骤，有些实行不下去。
  这机构改革的迫切要求，更是时不我待了，郑芝龙的这次进京朝拜，必须借机布置好海关的设置；将其郑氏的私人军队，整肃为朝廷的水师；未来走向海洋的明朝，正需以此为基础打造。
  经过几天的深思熟虑，崇祯终有所悟，提出妥协建议：内阁大臣增到八人，六部也可被推举入阁。
  又是几天的争吵，反对得最为坚决的六部中的几位大臣，终也默认了这项变革，大臣中的反对声浪，这才逐渐消退。
  阁臣历来是由翰林学士担当的，六部大臣虽也有出身翰林的，但毕竟不是全部。此次的机构改革，虽对内阁有所制衡限制，但更多的是放权自主，还有新成立农商两部，这让许多大臣们难以适应。阁臣的位置，愈加地受人们重视了，这就加剧了人们对它的竞争，那些难以入阁却又位高权重的大臣们，极力反对此项改革。
  如礼部尚书温体仁，虽也翰林出身，但已身为礼部尚书这重要职位，要想入阁却是有些困难。而未来的礼部，其层级还比不上刑部、兵部，这让他很是心有不甘，因此指使一些投靠在他门下的大臣，极力造声势反对改革。直到崇祯提出“六部之臣也可被推举入阁”时，温体仁在入阁的可能骤增时，才转变了其策略。
  大明朝廷的机构改革，终于尘埃落定，崇祯颁下了旨意。
  名单所列的阉党余孽，刑部均已缉拿归案，机构改革的旨意已下，就等法院挂牌成立后，这阉党余孽的逆案，就将公开在原刑部大堂中审理。
  这也就引出了前文所述的，“宗羲忠孝报父仇，袖藏铁锥刺阉逆”。
  郑芝龙携带重金厚礼，走海路数日后到达大沽口；此时的大沽口已建有炮台，只是规模远小于清末。明朝时期，并无什么重大危机来自海上，即使是倭寇作乱，也很少敢骚扰到京师重地。
  大海船就舶在大沽口，郑芝龙换乘快船，经海河转入京杭大运河，直到京城东部的通州。中国古时的海船，长宽比小，吃水较浅，大江大河与沿海比可畅行无阻；但这种低长宽比的海船，也使得它不太适应远洋航行，当然并不是说它绝对的不能远洋。此时的海河较后世为宽阔，每逢汛期还常多泛滥成灾，郑芝龙的海船也是可以驶入海河的，但载有二十几门火炮的海船，朝廷是不可能允许其直入内陆河湖的。
  福建泉州老家，郑芝龙的二弟郑芝虎留守，郑芝龙携四弟芝豹进京朝觐。早得泉州知府王猷的建议，郑芝龙备下重礼，拜访朝中各位重臣，期望此次招安觐见，能皇帝面前美言几句，以获更高的封赏。
  能够进京觐见皇帝，这是郑芝龙等人从未想到过的殊荣；郑芝龙设想过许多种情形，即使最好的情形，也不过希望能得福建左布政使熊文灿的接见。这让郑芝龙对此次觐见，既心怀忐忑，又充满期待。
  郑芝龙早得礼部官员指导，文华殿内，行三跪九叩大礼，“臣郑芝龙叩见吾皇陛下。万岁、万岁、万万岁。”
  “免礼，平身”崇祯对于郑芝龙这个名字印象不深，但郑成功却是耳熟能详，估计其年龄现尚应在幼儿时期，应该是眼前这人的子嗣吧。
  “谢陛下”郑芝龙诚惶诚恐地站起身来。郑芝龙混迹海上，那是呼风唤雨，一呼百应之豪杰，然而进入紫禁皇城以来，建筑的规模宏伟庞大、气势恢宏，震撼着郑芝龙的心灵，不由自主地产生了敬畏之心。
  “郑卿能归顺朝廷，当此用人之际，正是建功立业之时。望卿能不负朕望，建立功业，光宗耀祖。”
  “臣久有为朝廷效力之心，今终能得受皇恩，必尽忠竭力报效，不负陛下重望。”郑成功对皇帝的这番表态，心情激动，这次招抚才真正获得了朝廷重视，看来这一步是走对了。
  第一次受招安时，当地官府要求郑氏归田为民，这让欲以为阶争得一官半职，谋个出身的他，大是失望，尤其担心作为平民百姓，日后岂不任那官府揉捏，再无抗争之力。没有得到任何保障的郑芝龙，在兄弟的劝说下，因此抚而又叛。
  “朕还从未见过大海，对郑卿的经历很是感兴趣，还有南洋如今状况如何，望卿能与朕聊聊。”崇祯在前世还是去过海边的，只是没有做海船的经历。崇祯是很想知道东南沿海一带，荷兰、葡萄牙、西班牙现在的力量分布；重视海权，必须从现在开始，虽然还有许多其它更急迫的事情要做。未来水师力量必会以郑氏为主，如真任其自行发展，尤如历史上的私人王国一般，必会给未来带来灾难性的后果。
  今日并不是朝会之日，文华殿内只是君臣两人，与几个服侍的太监，崇祯是专门来接见郑芝龙的。
  郑芝龙早探听得朝廷正频频变革，此时在为某事争论不休，正是关键时期；本以为得到觐见的机会，皇帝政事繁忙，必不会有更多时间，也就是勉励自己几句，再封个官儿就完事了；哪知道皇帝竟会问到这么细致的问题，弄得郑芝龙有些措手不及。
  郑芝龙简略介绍了自己的经历后，又说明西洋番国远来我朝进行贸易，为争贸易独占权，而争斗不休；南洋海盗横行，多劫夺来往商旅，但今有他郑芝龙在，必叫南洋海靖盗平。
  郑芝龙十七岁时，因家庭生计艰难，偕其弟芝虎、芝豹赴广东香山澳（澳门），投靠舅父黄程。黄程是个海商，在当时中外贸易中心地点之一的澳门，从事海外贸易。郑芝龙在商业竞争和利益角逐中，施展自己的智慧和才干，学会经商贸易，并学会了拉丁语和葡萄牙语。
  后随泉州李旦赴日本贸易，投在其门下“以父事之”，得到重用遂发达起来，又娶一日本女子为妻。后被派往澎湖、台湾为荷兰人当通事，不久李旦死后，台湾的基业皆为郑芝龙接管。郑芝龙交游广阔，与颜思齐等众豪杰结拜为兄弟，后又被推举为盟主，由此郑芝龙终基业建立，势力越来越庞大，成为东南沿海众多势力中最大的一股。
  天启七年，曾受招抚，但地方官令其解甲归田，使其难以接受复叛。由于大明北有辽东后金威胁，南有云贵奢安之乱，内有连年干旱重灾；对于东南沿海的海寇骚扰，已是无力应付，只有招安郑芝龙这最大的势力，再令其剿灭其他海盗，方有可能；故于崇祯元年，大臣们多次上疏，务须招安郑芝龙。
  此时的郑芝龙势力，在短短的一年之内，就由原来的三两百船，发展到现在的千船竞帆，其势力扩展得极快。即使是横行于欧洲与世界，号称海上马车夫的荷兰，在环中国海范围，也不得不接受郑氏的统治。郑氏几乎垄断明朝对外的贸易，荷兰的船只一旦在环中国海出现，即遭郑氏船队拦截，不得不接受郑氏的条件，只能与郑氏集团贸易往来。
  郑芝龙当然不会将自己的真正实力讲出来，但自后世穿越附身的崇祯，凭片鳞只爪的历史知识，还是从其无意中的谈论，窥知了其大概实力。这让崇祯很是惊讶，如此强大的舰队，也只能是招抚的形势了，否则以现在的大明实力，肯定是顾此失彼。
  “吏部将授卿海防游击之职，是为“五虎游击将军”。官职是不太高，与卿之能力实不相配，但以卿之能，功劳唾手可得，那时再视情而定，必不会再有人妄语。”崇祯盯着郑芝龙。
  郑芝龙的后背有些冒汗，时已入秋，殿内更凉爽，但他却觉着这个年轻皇帝似对其看得很透。刚才介绍南洋海事时，皇帝问得虽是不多，但句句问到了关键，令其不得不详细解说，尤其是关于西洋红毛番子的事情。
  “臣能授游击之职，已是胜任艰难，实不敢当陛下谬赞。”郑芝龙谦虚连连。
  “嘿，看来郑卿是未解朕意。如卿能剪除海盗，扫平诸番，朕将以卿之船队为基础，成立大明南洋水师，重走当年郑和下西洋之路。如卿有此能，朕将宣大明威武于天下之责，交予卿来承担；西洋番国能到我大明，我大明船队如何就不能去到西洋！不知，郑爱卿可有此志向？”
  这番话说得郑芝龙是心潮澎湃，如真能扬威于异域，已经不是什么荣华富贵之事了，而是光照列祖列宗，史书留名也不在话下。只是如此军国大事，皇帝怎会对自己这么一个小小的游击说出，这……，兴奋之后，郑芝龙也有些不寒而栗，皇帝也太高看自己了。
  “陛下英明，臣虽愚钝，也愿附陛下骥尾，创大明中兴盛世！”崇祯说得豪迈，郑芝龙也连忙表明心迹。