经过几次商讨，内阁与兵部、海关署理衙门等职能部门草拟了一些应对方法，他们的应对方法不过就是驱除在华的一切传教士，然后严令沿海各地，要求他们不得放一个传教士上岸。
  当然这些应对措施遭到在钦天监工作的外国人的反对，礼部的徐光启也强烈反对这些应归措施。而崇祯皇帝也不满内阁搞出的这些应对措施，做事不能因噎废食，不能说传教士之中都是坏人。
  就西方传教士的问题，如徐光启等人主张，不能因为传教士中几个害群之马就禁止西方传教士来华，只要当地官员严格监管，就会减少、制止这些心怀叵测的传教士的行动，朝廷不必因此烦恼。
  但是大部分的大臣都比较赞同内阁的主张，因为现在朝廷即将对吕宋动兵，而这些西方传教士前来刺探军情，如果这种情形在这么继续下去的话，朝廷出兵的消息就会泄露，大军远征就会遇到更大的困难。
  在崇祯皇帝看来，严禁西方传教士来华传教这点不好，但是就这么放任西方传教士来话乱窜，也是不行的，因为西方殖民者就是一手拿着火枪，一首拿着圣经，征服美洲大陆的，朝廷不得不防。
  朝廷上政变激烈，两派各不相让。而地方上的一些大员也纷纷上奏，他们大多数的人都倾向于内阁的应对措施。因为在这些地方大员看来，这些西方传教士给他们带来了太多的麻烦。
  本来这些地方上的行政官员就有很多的事情要处理，而这些西方传教士来到地方之后，因为一些原因时常与当地乡民发生冲突，这让地方官员不胜其烦，他们早就对西方传教士一肚子的火，他们巴不得早点名正言顺的驱除这些讨厌的传教士。
  所以像徐光启等官员感觉独木难支，但是徐光启等官员又不甘心眼看着朝廷下令驱除这些来华传教的西方人，所以徐光启趁着讲筵以及一些其他俄什么时间，在崇祯皇帝面前为西方传教士说了不少的好话。
  当然还有一些大臣，不比如说向温体仁之流，他们看到崇祯皇帝虽然不喜西方的传教士，但是他们又通过一些渠道了解到崇祯皇帝又不想对西方传教士赶尽杀绝，再有就是他们还想拉拢向徐光启等一些大臣，于是他们又想出来一些其他的办法。
  温体仁等大臣联名上奏朝廷，如果不分青红皂白的，就将全部的西方化传教士驱除出去，那就显得朝廷有些小家子气了，但是放任这些宵小肆意刺探我军虚实也是不行的，于是微臣等就想了一些办法，那就是成立一个专门的衙门来监管这些西方传教士。
  温体仁等大臣的政策在朝廷之中掀起了一丝波澜，众多大臣，连东林之中的钱谦益等人也不得不赞叹他们的所谓所谓“政敌”太圆滑了，这些政策谁也不得罪，既照顾了徐光启等大臣，有顺了皇上的意思。
  再说成立新的衙门，是很多朝臣巴不得事情，城里新衙门，就意味着官僚队伍要扩充了，扩充官僚队伍就意味着可以使用一些手段，将自己的学生、亲朋拉入到官场之中；也可以将自己乡党拉到高位，成为自己的依仗。
  所以众多的朝臣都非常赞同温体仁等朝臣的建议，当然了，也不是没有反对的声音，钱谦益等一些东林大臣就比较反对这项政策，他们说，为了西方的传教士而专门成立一个衙门，这真是旷古未有，根本就是不合时宜。
  但是支持温体仁等人大臣说道：成立这样一个衙门，不仅可以监管西方传教士，也可以对其他的一些宗教进行监管，要知道，朝廷对一些邪教是深恶痛绝的，但是这些邪教就像野草一样，野火烧不尽，春风吹又生。弄得朝廷不厌其烦。
  成立一个专门管理宗教的衙门，这是一个很诱人的想法，但是如果要是成立这样一个衙门，会不会与其他的一些衙门发生职权冲突，这是朝臣们要考虑的一个问题，毕竟朝臣们可不想失去权利。
  权利是多么好的一件东西，有的人想方设法的想要得到权利，但是一旦别人想要剥夺他的权力的时候，他更是会拼尽了全力要维护自己的权利，当初成立海关署理衙门的时候，剥夺了沿海各省布政使的部分权利。
  这让沿海各省布政使大为光火，说不上仇视，但是这些布政使们从来不给海关署理衙门的人好脸色看，而双方之间的暗斗一天也没有平息，所以朝臣们对新成立一个衙门，虽然很赞同，但也有很多的担心。
  崇祯皇帝很赞同这项措施，这样做的话能在很大程度上管理那些西方的传教士，而这样一个衙门，还能很有效的管理宗教，这为以后朝廷是否能十分有效的管理蒙古以及青藏地区有十分积极的作用。
  于是崇祯皇帝表示，朝臣们可以对这项政策进行可行性的探讨，朝臣们看到崇祯皇帝这是有些动心了，所以一个个都十分的积极开始了讨论，而内阁也是十分倾向于这项建议的，所以可以说新部门的成立这件事，是十有八九的，所以很多朝臣的心思开始活络起来了。
  明朝君臣在京城忙着庆祝新年外加万寿节，还忙着继续改组朝廷的事情；而皇太极在沈阳也没有闲着，虽然两次征明都没有取得决定性的胜利，并且还把广宁城给丢了，但是皇太极的权利并没有受到什么太大的影响。
  皇太极反而利用几次战争，扫除了他南面独坐的几块绊脚石。皇太极在攻伐明朝京畿的战役中，借题发挥，将阿敏给除了。而阿敏这个人也是十分的倒霉，因为被圈禁的原因，身体一落千丈。
  到了崇祯四年秋，阿敏的身体就垮了，到了年底，阿敏终于挺不住，死了。对于皇太极来说，阿敏的死可是一个好消息。因为皇太极虽然把阿敏给圈了，但是阿敏在镶蓝旗中还是有一定的影响力的。
  这下阿敏死了，皇太极可以放心了。不久，一个更令皇太极兴奋的消息传来了，莽古尔泰也快要不行了。相对于阿敏的死讯来说，这个消息更令皇太极兴奋，因为挡在皇太极完成南面独坐的一块最大的绊脚石终于要被除去了。
  比起阿敏来，莽古尔泰在正蓝旗中的影响力那是根深蒂固的。阿敏只是天命汗努尔哈赤的侄子，而莽古尔泰是天命汗努尔哈赤的亲儿子啊，两人在后金的地位是不能相提并论的，所以莽古尔泰要不行的消息，着实让皇太极高兴。
  但是皇太极在高兴之余，还是有一些悲伤的。因为不管怎么说，莽古尔泰与皇太极是亲兄弟，当然了，两人是同父异母的亲兄弟，再加上当初皇太极能登上大汗这个宝座，也离不开莽古尔泰的支持。
  还有就是莽古尔泰本人也是一员十分凶悍的战将，莽古尔泰少时跟随努尔哈赤征伐乌喇部，英勇善战，连克六城。而在天命元年，就被封为和硕贝勒。1619年，参加了萨尔浒大战，先随天命汗在萨尔浒全歼明总兵杜松所率的六万之军，复又南下歼天刘綎部四万余众。1620年受命追袭明军，直至浑河。1626年攻击喀尔喀巴林部，独自率兵渡河，斩俘甚众。
  但是莽古尔泰在皇太极即位之后，凭借着自己的功劳，对皇太极很是不尊重，还时常与皇太极发生冲突，这就让皇太极十分的不能忍受，在皇太极看来，莽古尔泰的这些行为就是对自己的极大的不尊重。
  所以皇太极早就想找个机会将莽古尔泰除去，但是莽古尔泰与阿敏不一样，虽然莽古尔泰的弑母的行为众人很不耻，但是皇太极依然不能够像处理阿敏一样处置莽古尔泰。
  所以，虽然莽古尔泰在皇太极面前拔了刀，而诸贝勒议也只是议莽古尔泰一个大不敬之罪而已，夺和硕贝勒封号，降多罗贝勒，削五牛录，罚银万及甲胄、雕鞍马十、素鞍马二。
  现在莽古尔泰尽然要不行了，这就等于是老天帮皇太极一个大忙啊。皇太极虽然欣喜，但是为了皇太极还要表现出一副十分悲哀的样子，因为不管怎么说，莽古尔泰还是天命汗的儿子、皇太极的亲兄弟、后金重要的大臣。
  于是皇太极赶紧下旨，要求医生想尽一切办法要治好莽古尔泰；当然了，皇太极的真实想法当然是：莽古尔泰你还喘气干吗啊，赶紧的吧，赶紧去见父汗努尔哈赤啊，告诉他，我皇太极干的很好，让他老人家别担心。
  沈阳皇宫里的一省被派出去以后，皇太极思索片刻，觉得好事去一趟莽古尔泰的府邸一趟比较好，这样一来，即表现出兄弟友爱、关心下属的一面，又有利于今后收复正蓝旗，所以皇太极决定，自己要亲自去莽古尔泰府邸一趟。
  皇太极要来莽古尔泰府邸的消息传来，让莽古尔泰府邸的人很是吃惊，因为莽古尔泰的一些亲随都很清楚，其实莽古尔泰与大汗皇太极并不是十分合得来，而且莽古尔泰还曾经在皇太极面前拔过刀。
  但是皇太极身为后金大汗，在莽古尔泰病危的时候，能过来看一眼，这说明皇太极的胸怀还是很大的，所以莽古尔泰的家人还是对皇太极能在这个时刻来，还是比较感激莽古尔泰的。
  皇太极来到莽古尔泰的府邸之后，看到了很多的正蓝旗的主要将领几乎都在这儿，看到这种情况，皇太极的眼里闪出一丝的怒气。但是皇太极掩饰的很好，这怒气只是一闪而过，别人根本没有察觉到。
  正蓝旗的将领看到皇太极来到以后，对皇太极一齐施礼，皇太极一摆手。当皇太极看到莽古尔泰的家人后，皇太极快走几步，搀扶其刚要施礼的莽古尔泰的家人，皇太极说：免礼、免礼，都是一家人，不要客气，今儿来我就是来看看莽古尔泰兄弟。
  说完这句话，皇太极就向一省询问，说：莽古尔泰兄弟的病情怎么样啊，你需要什么药材，就知会一声，我立刻命人到皇宫去拿。
  医生说：莽古尔泰贝勒的情况不太好，先前莽古尔泰贝勒受过重伤，虽经调养，但是还是没有痊愈，留有病根，这回莽古尔泰贝勒在战场上奔波劳顿，病情复发，而且这回是来势汹汹，恐怕会…
  当然了，这个医生还留有一些话没有说，那就是莽古尔泰这回旧病复发，还因为莽古尔泰被夺去和硕贝勒封号，心情不好，和你皇太极呕气，才会这样的。但是这话，给医生是个胆子也不敢说这话，要是说了，那不是找死吗。
  皇太极听了医生的话后，皇太极再次指示医生，要全力救治莽古尔泰。一省当然是连连称是，而正蓝旗的主要将领看到皇太极的这番作为之后，都感觉到皇太极对莽古尔泰的殷殷关切之情，很是感动。
  之后，皇太极有看望了躺在病床上的莽古尔泰。来到莽古尔泰的卧室，看到了躺在床上，面色苍白的莽古尔泰，就在这一刻，皇太极是百感交集。就内心来说，皇太极还是很感谢莽古尔泰的；但是在另一方，皇太极又不得不希望莽古尔泰早点死。
  皇太极身边的诸人看到皇太极悲伤的样子，都很识趣的退了出去，单独的让皇太极与莽古尔泰相处。过了一会，莽古尔泰仿佛知道皇太极来了似的，莽古尔泰努力的睁开了浑浊的双眼。
  皇太极看到莽古尔泰睁开双眼后，问道：莽古尔泰兄弟，感觉怎么样了？
  莽古尔泰吃力的说道：皇太极啊，我是不行了。现在阿敏和我都已经是死老虎了，代善那个败家玩意儿也被你驯服了，现在你是已经南面独坐了，你该心满意足了吧。不过我后悔啊，怎么就让你登上汗位啊。
  皇太极说：莽古尔泰啊，这世上有很多种药，有治病救人的、也有谋害人命的，但就是没有后悔药，要是真有后悔药的话，我还真想为你买一副，不过莽古尔泰，就算是让你吃了后悔药，你以为你能斗得过我吗？
  莽古尔泰说道：我知道，我、代善都都斗不过你，但是皇太极，你以为我死了，你就真的能难免独坐，高枕无忧了吗？你以为你真的能把我的正蓝旗给吃了？
  皇太极说道：莽古尔泰兄弟啊，你放心，那些不跟我走的正蓝旗将领，我会让他跟你走，这样的话，你在下面也不会太寂寞，而且你也可以带着你那帮忠实的将领继续的为父汗在下面南征北战啊。
  在临近年关的时候，莽古尔泰终于熬不住了，就在皇太极看望他之后的两天之后，莽古尔泰带着不甘去世了。莽古尔泰去世的消息随即被上报给皇太极，正在办公的皇太极听到这个消息之后，大为吃惊。
  随即皇太极大为悲伤，马上传令，为莽古尔泰举办隆重的葬礼，而后，皇太极有亲自到莽古尔泰的府邸去慰问莽古尔泰的家属。在莽古尔泰的家里皇太极又看到很多的正蓝旗将领。
  不过在这个时候，皇太极已经不怎么生气了，因为莽古尔泰已经死了，失去了领军人物的正蓝旗就如同一盘散沙一样，所以在皇太极的眼里，现如今的正蓝旗就是他案板上的肉，自己向怎么办就怎么办。
  抚慰完莽古尔泰一家之后，皇太极就回了沈阳皇宫。回到沈阳皇宫之后，皇太极一改悲伤的的样子，皇太极此刻可是容光焕发，挡在自己面前的两个绊脚石终于被除去了，今后再也没有人敢对自己指手画脚的了。
  当初的四大贝勒，现如今阿敏和莽古尔泰已经被皇太极给弄下去了，而代善已经对皇太极没有任何的威胁了。而在皇太极看来，代善这个人，英勇善战，与此同时呢，代善也很识时务。
  天命末期的时候，努尔哈赤本有意扶代善上位，但是皇太极不甘心啊，皇太极自己也想登上汗位，但是论地位，论战功，皇太极与代善相比，还真处于下风。面对这这样的形式，皇太极没有放弃。
  终于，在皇太极的谋划之下，代善失宠了，皇太极终于登上了汗位。而代善在一系列的较量之中，代善明白了，自己不是皇太极的对手，而且，不光是自己，阿敏、莽古尔泰也不是皇太极的对手。
  于是代善努力的与皇太极拉关系，于是在后金的朝堂之上，只要皇太极的政策，代善就会无条件的支持，而在平时，代善也是对皇太极很是恭敬；而阿敏和莽古尔泰呢，时不时的与皇太极做对。
  皇太极不动声色的将代善、莽古尔泰、阿敏的一系列的行为看在眼里。所以皇太极在对阿敏与莽古尔泰下狠手的时候，只是在削减代善的权势，而代善也很配合皇太极，将自己手中的权柄交给皇太极。
  就因为代善的配合，皇太极决定保留代善极其一家的荣华富贵。就皇太极来说，自己也不能让所谓的“四大贝勒”一下子就全玩完，还是要适当的保留一个来做做样子，让这个“样子”来背雷顶缸。